Wprowadzenie do metod projektowania leków 1200-2CHMMO1L1
- Dokowanie molekularne; wykorzystanie baz cząstek chemicznych do dokowania, virtual screening.
- Ocena konformacji ligand-receptor, porównywanie energii wiązania. Metody oceny, macierz błędu, krzywe ROC oraz AUC oraz Współczynnik wzbogacenia (enrichment factor).
- Uczenie maszynowe w projektowaniu leków: zastosowanie, trening i walidacja metod.
- Projektowanie na podstawie znanych związków bądź cech (farmakofory), projektowanie analogów.
- Leki peptydowe, dokowanie do białek, projektowanie i dokowanie przeciwciał.
- Metoda FEP (free energy perturbation) wyznaczania różnic w sile wiązania leków.
- Całkowity nakład pracy studenta: 2*25 = 50 godzin.
- Udział w zajęciach: 30 godzin
- Przygotowanie się do zajęć: 10 godzin
- Konsultacje z prowadzącymi: 10 godzin
Kierunek podstawowy MISMaP
chemia
fizyka
matematyka
biologia
informatyka
Koordynatorzy przedmiotu
Rodzaj przedmiotu
Tryb prowadzenia
Założenia (lista przedmiotów)
Założenia (opisowo)
Efekty kształcenia
Student zna założenia metod stosowanych do projektowania leków oraz prawidłowo interpretuje uzyskane wyniki. Umie wybrać odpowiednią metodę do osiągnięcia zakładanego celu, oraz zna ograniczenia poszczególnych metod, w zakresie ich dokładności i szybkości. Potrafi komunikować się na tematy dotyczące projektowania leków w stopniu umożliwiającym aktywne uczestnictwo w środowisku naukowym.
K_U04 korzystać z internetowych baz danych struktur białkowych i substancji małocząsteczkowych oraz programów do wizualizacji, dynamiki, dokowania ligandów i przewidywania ich własności
K_U05 budować i modyfikować związki oraz optymalizować ich oddziaływania z białkami i DNA
Kryteria oceniania
Wymagane zaliczenie wszystkich ćwiczeń. W przypadku braku obecności na zajęciach, niezbędne jest zaliczenie ćwiczenia na pracowni dodatkowej.
Praktyki zawodowe
Nie dotyczy
Literatura
---