Practical course on analysing the diversity of microbial eukaryotes in environments 1400-ADMEE-en
Ten intensywny, tygodniowy kurs praktyczny koncentruje się na technikach metabarkodowania różnorodności eukariotów w próbkach środowiskowych, z zastosowaniem krótkich (rRNA V4) i długich (operon rRNA) amplikonów. Uczestnicy poznają cały proces, od izolacji DNA po szacowanie różnorodności i interpretację danych. Studenci będą pracować w parach. W ciągu pierwszych trzech dni zostanie przeanalizowanych 36 próbek morskich (zamrożone komórki na filtrach) pochodzących z wybrzeża północnej Francji, po trzy próbki na parę. Biblioteki krótkich i długich amplikonów zostaną przygotowane i zsekwencjonowane na miejscu przy użyciu platform Illumina MiSeq i Oxford Nanopore MinION. W ciągu kolejnych trzech dni dane sekwencyjne zostaną bioinformatycznie przetworzone w celu oszacowania różnorodności, która następnie zostanie porównana między próbkami i metodami sekwencjonowania.
Część praktyczną uzupełniają wykłady, które obejmą techniczne aspekty metabarkodowania i sekwencjonowania, różnorodność i ekologię mikroorganizmów eukariotycznych w różnych środowiskach oraz statystyczne metody analizy danych.
Rodzaj przedmiotu
Koordynatorzy przedmiotu
Efekty kształcenia
WIEDZA
1. Zna zróżnicowanie strukturalne, genetyczne, metaboliczne i funkcjonalne mikroorganizmów eukariotycznych (K_W03)
2. Rozumie wzajemne relacje mikroorganizm eukariotyczny-środowisko, stosując hipotezy dotyczące czasowych i przestrzennych uwarunkowań różnorodności biologicznej (K_W04)
3. Zna zaawansowane techniki laboratoryjne stosowane w badaniach mikroorganizmów eukariotycznych (K_W12)
4. Zna zasady planowania badań i wykonywania eksperymentów z zastosowaniem specjalistycznych metod stosowanych w badaniach mikroorganizmów eukariotycznych (K_W13)
UMIEJĘTNOŚCI
1. Wybiera i stosuje techniki i narzędzia badawcze adekwatne do problemów biologii mikroorganizmów eukariotycznych (K_U01)
2. Potrafi pod nadzorem opiekuna naukowego planować i wykonać eksperyment z zastosowaniem poznanych metod badania różnorodności mikroorganizmów eukariotycznych (K_U07)
3. Posiada umiejętność przygotowania i wygłoszenia wystąpień ustnych w języku angielskim, zgodnie z wymaganiami określonymi dla poziomu B2+ (K_U11)
KOMPETENCJE SPOŁECZNE
1. Rozumie potrzebę odkrywania nowych gatunków i identyfikacji znanych gatunków mikroorganizmów eukariotycznych i potrafi przekazać tę wiedzę innym (K_K01)
2. Potrafi pracować w zespole, realizując własne badania i współorganizując pracę całego zespołu (K_K04)
Kryteria oceniania
Projekt (uzyskanie danych, analiza danych i prezentacja wyników)
Uwagi
|
W cyklu 2024Z:
Kurs jest przeznaczony dla maksymalnie 12 uczestników (w tym 6 uczestników z Uniwersytetu Warszawskiego) i odbędzie się w ośrodku badawczym BIOCEV na Uniwersytecie Karola w Pradze w dniach 13-21 listopada 2024 r. (7 dni zajęć). Zajęcia będą prowadzone w języku angielskim przez wykładowców z Instytutu Parazytologii (Vladimír Hampl, Jiří Novák) i Zoologii (Ivan Čepička, Tomáš Pánek, Seda Mirzoyan) Uniwersytetu Karola, Instytutu Biologii Ewolucyjnej Uniwersytetu Warszawskiego (Anna Karnkowska, Michał Karlicki, Małgorzata Chwalińska) oraz Sorbony (Fabrice Not, Lucie Bittner). Aby się zarejestrować, prosimy o zapisanie się w systemie USOS oraz wysłanie e-maila na adres a.karnkowska@uw.edu.pl (z dopiskiem rejestracja na kurs 4EU+ w tytule), co umożliwi nam sprawny kontakt z Państwem. W przypadku większej liczby chętnych niż liczba dostępnych miejsc, preferowani będą doktoranci i studenci studiów magisterskich oraz brane pod uwagę będą oceny z ukończonych kursów z zakresu mikrobiologii (mikrobiologia, ale też mykologia, mykologia terenowa, biologia mikroorganizmów eukariotycznych), jak również z zakresu bioinformatyki (bioinformatyka, bioinformatyka praktyczna, feilogenetyka i metagenomika). Ostateczna lista zostanie ogłoszona nie później niż 11 października 2024. Zakwalifikowani uczestnicy uzyskają dofinansowanie wyjazdu. W razie dodatkowych pytań prosimy o kontakt mailowy z koordynatorem (a.karnkowska@uw.edu.pl). |
Więcej informacji
Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb: