Ruchome elementy genetyczne bakterii -W 1400-215PLAZB-W
Modularna struktura ruchomych elementów genetycznych (MGE, ang. mobile genetic element). Genomika bakterii. Rola MGE w kształtowaniu struktury genomów bakterii. II. Integrony i superintegrony (struktura genetyczna, klasyfikacja, rola w determinowaniu oporności na antybiotyki). III. Elementy transpozycyjne (TE, ang. transposable element) - ogólna charakterystyka sekwencji inercyjnych, transpozonów i nieautonomicznych elementów tarnspozycyjnych (MITE, ang. miniature inverted repeats transposable elements) (klasyfikacja, rozpowszechnienie w genomach bakterii, rodzaje zmian spowodowanych transpozycją, regulacja częstości transpozycji, rola w horyzontalnym transferze genów (HGT, ang. horizontal gene transfer). Metody identyfikacji funkcjonalnych TE z zastosowaniem różnego typu wektorów pułapkowych. IV. Elementy integrujące z DNA i koniugacyjne (ICE, ang. conjugative and integrative elements; IME, mobilizable integrative elements). V. Plazmidy bakteryjne (odkrycie, definicja, występowanie, nazewnictwo, klasyfikacja, struktura). (1) Identyfikacja plazmidów (metody genetyczne i fizyko-chemiczne). (2). Schemat podstawowej charakterystyki plazmidów (struktura, oznaczanie wielkości, liczby kopii, zakresu gospodarza, grupy niezgodności, mapowanie restrykcyjne). (3) Replikacja plazmidów [modele replikacji plazmidów kolistych i liniowych, pojęcia: replikon, podstawowy replikon/minimalny replikon; origin replikacji (oriV), mechanizmy regulacji inicjacji replikacji, molekularne podstawy niezgodności (inc), plazmidów]. (4) Mechanizmy zapewniające stabilne utrzymywanie plazmidów w komórkach bakteryjnych (systemy: aktywnego rozdziału, rozdziału form oligomerycznych, addykcyjne - molekularne podstawy funkcjonowania; pochodzenie). (5) Systemy transferu plazmidów (plazmidy koniugacyjne i mobilizowalne; struktura oriT (ang. origin of conjugational transfer). VI. Funkcje fenotypowe bakterii kodowane przez MGE. VII. Mobilne itrony i interny. VIII. Pochodzenie i ewolucja MGE. IX. Rola MGE w horyzontalnym transferze genów. X. Zastosowanie MGE w inżynierii genetycznej i biotechnologii.
Rodzaj przedmiotu
Tryb prowadzenia
Koordynatorzy przedmiotu
Efekty kształcenia
Po opanowaniu materiału objętego wykładem student:
WIEDZA
- Ma szeroką wiedzę w zakresie biologii molekularnej oraz inżynierii genetycznej mikroorganizmów, ze szczególnym uwzględnieniem ruchomych elementów genetycznych. (K_W06 Bl2; K_W01 Bt1; K_W02 Bt1; K_W02 Bt2)
- Wykazuje znajomość aktualnego stanu wiedzy w głównych działach genetyki bakterii, w tym terminologii przyrodniczej w zakresie mikrobiologii, genetyki i genomiki (w j. polskim i j. angielskim), najnowszych badań, odkryć i zastosowań ruchomych elementów genetycznych w biotechnologii, medycynie czy biologii molekularnej. (K_W02 Bl2; K_W06 Bt1; K_W03 Bt2)
- Wykazuje znajomość zasad stosowania różnych narzędzi badawczych, w tym szerokiej gamy wektorów plazmidowych. (K_W01 Bl2; K_W10 Bl2)
- Ma wiedzę na temat komórkowych i molekularnych podstaw funkcjonowania mikroorganizmów w świetle badań nad ruchomymi elementami genetycznymi bakterii. (K_W03 Bl2)
UMIEJĘTNOŚCI
- Wykazuje umiejętność posługiwania się językiem nowożytnym (j. polski lub j. angielski) w stopniu umożliwiającym korzystanie ze źródeł elektronicznych i literatury naukowej poświęconej szeroko pojętej genetyce bakterii. (K_U03 Bl2; K_U02 Bt1; K_U02 Bt2)
- Uczy się samodzielnie w sposób ukierunkowany. (K_U03 Bt1; K_U03 Bt2)
KOMPETENCJE SPOŁECZNE
- Wykazuje ostrożność i krytycyzm podczas zdobywania i interpretowania wiedzy z zakresu genetyki mikroorganizmów i jej zastosowania praktycznego. (K_K10 Bl2; K_K04 Bt2)
- Rozumie potrzebę przekazywania informacji o nowych osiągnięciach biologii mikroorganizmów oraz ruchomych elementów genetycznych, a także potrafi przekazać te informacje w sposób zrozumiały. (K_K01 Bl2; K_K02 Bl2; K_K03 Bl2; K_K06 Bt1)
Kryteria oceniania
Egzamin pisemny (złożony z dwóch części: (i) zawierającej 20 pytań zamkniętych wielokrotnego wyboru i (ii) 20 pytań otwartych, wymagających bardzo krótkich odpowiedzi). Próg zaliczenia wynosi 51%.
Praktyki zawodowe
Nie.
Literatura
1. Biologia Molekularna Bakterii. Baj J., Markiewicz Z. (red.) PWN, 2015
2. Plasmid Biology. Funnel B.E., Philips G.J. (red.) 2003
3. The Horizontal Gene Pool: Bacterial Plasmids and Gene Spread. Thomas C.M. (red.). 2000
4. Mobile DNA III. Craig N.L., Chandler M., Gellert M., Lambowitz A.M., Rice P.A., Sandmeyer S.B. (red.) 2015
5. Bacterial Integrative Mobile Genetic Elements. Roberts A.P. and Mullany P. (red.) 2013
Uwagi
|
W cyklu 2023Z:
W ROKU 2023/2024 ZAJĘCIA ODWOŁANE |
W cyklu 2024Z:
W ROKU 2023/2024 ZAJĘCIA ODWOŁANE |
Więcej informacji
Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb: