Pracownia technik obliczeniowych S 1100-3BP25

Celem zajęć jest wykształcenie praktycznych umiejętności wymaganych do sprawnego wykonywania obliczeń i złożonych symulacji komputerowych. W szczególności dyskutowane będą następujące zagadnienia:

1. Środowisko pracy – powłoka systemu (shell), programy systemowe, praca zdalna, edytor tekstowy, system kontroli wersji. Przykładowe oprogramowanie:
- shell – bash, fish
- narzędzia POSIX
- praca zdalna – SSH, screen, tux, boy
- edytor tekstowy – vim, nano
- system kontroli wersji – Subversion

2. Przetwarzanie plików tekstowych przy pomocy narzędzi POSIX. Wyrażenia regularne. Ćwiczenia polegające na prostej analizie danych (np. przeszukiwanie bazy SCOP). Oprogramowanie:
- textutils
- sed
- awk
- Perl
- wyrażenia regularne w Pythonie

3. Automatyzacja obliczeń przy pomocy języków skryptowych. Ćwiczenia polegające na wykonywaniu obliczeń standardowymi narzędziami (bio)informatycznymi na dużym zbiorze danych. Oprogramowanie:
- język skryptowy – bash, Perl, Python
- przykładowe narzędzie – DSSP

4. Automatyzacja dostępu do zasobów internetowych. Automatyczne generowanie żądań HTTP typu GET i POST. Oprogramowanie:
- wget, curl
- httplib2

5. Klastry obliczeniowe. Systemy kolejkowe. Oprogramowanie:
- SLURM

6. Podział danych na zadania (paczki), w zależności od ich struktury – lista, macierz kwadratowa, górny trójkąt macierzy, macierz prostokątna. Ćwiczenia np. na podstawie porównywania struktur lub sekwencji białek. Opcjonalnie: dystrubucja zadań w strukturze master-slaves w środowisku MPI. Oprogramowanie:
- mpi4py

7. Analiza wyników obliczeń. Przekształcanie plików tekstowych. Format CSV. Obróbka danych w środowisku Mathematica.

8. Przygotowywanie publikacji naukowych. Zagadnienia związane ze składem tekstu, formatami graficznymi, rozdzielczością. Generowanie ilustracji (wizualizacja struktur molekularnych, wykresy). Oprogramowanie:
- LaTeX
- Mathematica (wykresy)
- PyMol

9. Instalowanie oprogramowania naukowego. Zależności. Instalowanie bibliotek. Kompilacja. Oprogramowanie:
- yum, apt
- GCC
- GNU Make
- Python Setuptools

10. Zagadnienia zaproponowane przez studentów (np. związane z technicznymi aspektami wieloskalowych symulacji w ramach przygotowywanych prac dyplomowych).