Modelowanie złożonych systemów biologicznych 1000-719bMSB
Badamy współczesne wyzwania w modelowaniu i rozumieniu złożonych systemów biologicznych za pomocą danych. Wysokowydajne pomiary molekularne wymusiły rozwój i zastosowanie statystyki i uczenia maszynowego, co dało początek biologii obliczeniowej. Technologie mikromacierzy i sekwencjonowania pozwalają nam określić ilościowo, w jaki sposób złożone systemy reagują na warunki doświadczalne i zewnętrzne oraz jak na nie wpływają. Takie pomiary pozwalają lepiej zrozumieć podstawowe zasady organizacji i funkcjonalność cząsteczek i komórek. Ostatnio nastąpił interesujący postęp w analizach pojedynczych komórek, genomice przestrzennej, obrazowaniu itp. obejmujący wyższe rozdzielczości, skale i złożoność.
Na tym kursie zajmiemy się eksploracyjną analizą danych, uczeniem się statystycznym i sieciami neuronowymi, które są specjalnie zaprojektowane do takich badań biologicznych. Warunkiem wstępnym jest dobra znajomość statystyki i programowania. Studenci będą programować w językach R i Python, co tydzień czytać podstawową literaturę i wykonywać projekty analizy danych.
Rodzaj przedmiotu
Koordynatorzy przedmiotu
Przedmiot dedykowany programowi
Efekty kształcenia
Po ukończeniu kursu studenci będą:
- znać główne osiągnięcia w biologii obliczeniowej i modelach obliczeniowych dla wybranych systemów biologicznych (K_W09),
- umieć analizować wybrane dane biologiczne leżące u podstaw złożonych systemów (K_U06, K_U07),
- umieć czytać i pisać doniesienia naukowe w języku angielskim (K_U08, K_U09, K_K01, K_K02).
Kryteria oceniania
Udział w zajęciach, prace domowe, raport z projektu, prezentacja.
Literatura
An Introduction to Statistical Learning with Applications in R
by Gareth James, Daniela Witten, Trevor Hastie and Rob Tibshirani
The Elements of Statistical Learning: Data Mining, Inference, and Prediction.
by Trevor Hastie, Robert Tibshirani, Jerome Friedman
Deep Learning with Python
by Francois Chollet
Studenci zostaną poproszeni o przeczytanie wybranych oryginalnych prac badawczych i przeglądowych.
Więcej informacji
Więcej informacji o poziomie przedmiotu, roku studiów (i/lub semestrze) w którym się odbywa, o rodzaju i liczbie godzin zajęć - szukaj w planach studiów odpowiednich programów. Ten przedmiot jest związany z programami:
Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb: