Technologie w skali genomowej 1000-715TSG
1. wprowadzenie - Tradycyjne metody odczytywania sekwencji: DNA (Sanger), RNA (EST i mikromacierze) i peptydów (degradacja Edmana) LAB: wprowadzenie do laboratorium
2. Sekwencjonowanie nowej generacji DNA, metodologie, przygotowanie bibliotek i kontrola jakości
LAB: kontrola jakości, filtrowanie i przycinanie odczytów
3. Mapowanie odczytów DNA na genomy LAB: mapowanie odczytów w praktyce
4. Sekwencjonowanie metylomów DNA, metoda bisulfite sequencing, LAB: mapowanie odczytów BiSulfite-Seq, wykrywanie miejsc metylowanych
5. Sekwencjonowanie RNA LAB: zliczanie odczytów dla genów i transkryptów, ekspresja różnicowa
6. Modyfikacje histonów i ChIP-Seq LAB: znajdowanie obszarów wzbogaconych w sygnale ChIP-Seq
7. Wykrywanie polimorfizmów z NGS, LAB: wykrywanie polimorfizmów w danych NGS
8. metagenomika LAB: przypisywanie odczytów metagenomicznych do organizmów/kladów
9. proteomika MS, wprowadzenie, LAB: Wyszukiwanie znanych peptydów w widmie MS
10. proteomika ilościowa, LAB: oznaczanie różnicowe próbek MS
11. Sieci interakcji genów i anotacja funkcjonalna
LAB: wizualizacja sieci interakcji genów
12. Kolokwium
13. Składanie sekwencji na podstawie odczytów NGS, LAB: Asemblacja de novo kontigów z danych NGS
14. Metody Sekwencjonowania RNA z pojedyńczych komórek. LAB: analiza danych scRNASeq
Rodzaj przedmiotu
Koordynatorzy przedmiotu
Efekty kształcenia
Uzyskanie umiejętności analizy danych pochodzących z technologii wielkoskalowych i syntezy wyników w kontekście problemu biologicznego (K_U20)
Kryteria oceniania
Kolokwium pisemne (50%) + projekt (50%) -> próg dopuszczenia do egzaminu wynosi 60%
Egzamin ustny.
Literatura
Next-generation Sequencing: Current Technologies and Applications Jianping Xu (Redaktor)
Bioinformatics and Functional Genomics Wyd. 3 Jonathan Pevsner
Więcej informacji
Więcej informacji o poziomie przedmiotu, roku studiów (i/lub semestrze) w którym się odbywa, o rodzaju i liczbie godzin zajęć - szukaj w planach studiów odpowiednich programów. Ten przedmiot jest związany z programami:
Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb: