Bioinformatyka i analiza danych biomedycznych 1000-5D97MB

Niebywale burzliwy rozwój molekularnej biologii spowodował rosnące zapotrzebowanie na zastosowanie narzędzi matematyki i informatyki w tej dziedzinie. Obliczeniowa biologia molekularna jest bardzo
pojemnym działem, w którym stosowane są różnorodne metody matematyki i informatyki: algorytmika, kombinatoryka, metody probabilistyczne, statystyka.

Jest to obecnie bardzo intensywnie rozwijający się dział stanowiący przedmiot zainteresowania zarówno firm prywatnych, jak i większosci wiodących uniwersytetów.

Tematyka seminarium skupia się wokół algorytmicznych i matematycznych metod analizy danych molekularnych. Wiele referatów dotyczy aktualnych projektów badawczych, w których uczestniczy grupa biologii obliczeniowej (http://bioputer.mimuw.edu.pl). Ostatnio nasze zainteresowania dotyczą
następujących zagadnień:

- statystyczna analiza danych dostarczanych przez tzw biotechnologie o dużej przepustowości, takie jak mikromacierze DNA, mikromacierze CGH, spektrometria masowa. Analiza takich danych najczęsciej motywowana jest zastosowaniami medycznymi.

- ewolucja molekularna i filogenetyka. Interesują nas matematyczne modele ewolucji genomu oraz zagadnienia związane z konstrukcją i porównywaniem drzew filogenetycznych.

- rekonstrukcja i ewolucja sieci oddziaływań białkowych, rekonstrukcja sieci regulacji genów.

- analiza sekwencji molekularnych. Pracujemy nad nowymi algorytmami pozwalającymi porównywaa sekwencje DNA i białek, oraz analizujemy nowo-zsekwencjonowane genomy. Dwa ciekawe projekty w tej tematyce dotyczą analizy genomów fagów, oraz analizy sekwencji transpozonowych.

- matematyczne modelowanie szlaków sygnałowych. Staramy sie budować proste modele dla sygnalizacji międzykomórkowej, w oparciu o semantykę deterministyczną(równania różniczkowe) i stochastyczną (łańcuchy Markowa z czasem ciągłym).

W przypadku obecności cudzoziemców zajęcia będą prowadzone po angielsku.