Bioinformatyka i genomika obliczeniowa 1000-5D22BGO
Burzliwy rozwój molekularnej biologii spowodował rosnące zapotrzebowanie na zastosowanie narzędzi matematyki i informatyki, szczególnie metod z takich dziedzin, jak algorytmika, kombinatoryka, metody probabilistyczne, statystyka. Tematyka seminarium skupia się wokół algorytmicznych i matematycznych metod analizy danych molekularnych wraz z zastosowaniami metod obliczeniowych w formułowaniu biologicznych hipotez. Referaty prezentowane na seminarium dotyczą nie tylko aktualnych projektów badawczych, w których uczestniczy grupa biologii obliczeniowej (http://bioputer.mimuw.edu.pl), ale także projektów o charakterze bioinformatycznym realizowanych w innych jednostkach kampusu Ochota.
Nasze zainteresowania obejmują m.in. analizę sekwencji molekularnych, ewolucję molekularną i genomikę porównawczą. W szczególności interesują nas:
matematyczne modele ewolucji genomów oraz różnorodności genetycznej w populacjach,
zagadnienia związane z rekonstrukcją i porównywaniem drzew oraz sieci filogenetycznych,
zastosowania powyższych w metagenomice oraz do rekonstrukcji zdarzeń makroewolucyjnych takich jak duplikacje genomowe, hybrydyzacje, rekombinacje itp.
nowe algorytmy porównywania sekwencji DNA i białek,
techniki analizy danych z sekwencjonowania wysokoprzepustowego i innych wielkoskalowych technik eksperymentalnych współczesnej genomiki,
analiza nowo-zsekwencjonowanych genomów.
Rodzaj przedmiotu
Koordynatorzy przedmiotu
Efekty kształcenia
Wiedza
1. Ma ogólna wiedzę o problemach bioinformatyki i biologii systemów (K_W08).
2. Ma podstawową wiedzę w zakresie podstawowych narzędzi matematycznych stosowanych w modelowaniu i analizie danych molekularnych (K_W09).
Umiejętności
1. Dostrzega ograniczenia własnej wiedzy i rozumie potrzebę jej ciągłego uzupełniania i aktualizowania (K_U07)
2. Potrafi przygotować prezentację i wygłosić referat opierając się na artykułach naukowych lub wynikach własnych badań (K_U08).
3. Potrafi czytać ze zrozumieniem teksty naukowe w języku angielskim (K_U09).
Kompetencje
1. Potrafi zarządzać swoim czasem oraz podejmować zobowiązania i dotrzymywać terminów (K_K08).
2. Jest gotów do przedstawiania wybranych osiągnięć bioinformatycznych i formułowania opinii na ich temat (K_K05, K_K06).
Kryteria oceniania
I rok: obecność na zajęciach, wygłoszenie 2. referatów, zatwierdzenie tematu pracy magisterskiej.
II rok: obecność na zajęciach, wygłoszenie 2. referatów, złożenie pracy magisterskiej.
Literatura
Współczesna literatura z tej dziedziny, w tym czasopisma naukowe i dane z Internetu.
Więcej informacji
Więcej informacji o poziomie przedmiotu, roku studiów (i/lub semestrze) w którym się odbywa, o rodzaju i liczbie godzin zajęć - szukaj w planach studiów odpowiednich programów. Ten przedmiot jest związany z programami:
Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb: