Obliczenia statystyczne w biologii i medycynie 4010-OBS-30
● Podstawy biologii molekularnej i komórkowej:
o budowa komórek eukariotycznych i prokariotycznych;
o genetyka molekularna;
o struktura i funkcje białek.
● “Wstęp do badań onkologicznych”, w szczególności skupiający się na dokładnym opisie i zagadnieniach genetyki człowieka jak:
o mutacjach somatycznych i germinalnych;
o fuzjach genowych i metylacji DNA;
o regulacja układu odpornościowy zależna od PDL1
● Genome wide mapping;
● Podstawowe pojęcia z statystyki
o Testy statystyczne (test t-studenta, test Wilcoxa, test chi-kwadrat, test Fishera);
o Analiza ekspresji genów
o Wczytanie i analiza danych w Rstudio
Kolejność podejmowanych zagadnień oraz szczegółowość ich realizacji może ulec nieznacznym zmianom.
Założenia (opisowo)
Koordynatorzy przedmiotu
Rodzaj przedmiotu
Tryb prowadzenia
Efekty kształcenia
student zna i rozumie:
· W1 - zna zaawansowane metody projektowania i analizowania złożoności obliczeniowej algorytmów i programów RStudio [K_W02]
· W2 - zna zasady działania oraz zastosowania najważniejszych algorytmów stosowanych w symulacjach komputerowych w wybranej dziedzinie (algorytmy genetyczne) [K_W03]
· W3 - zna metody statystycznej analizy danych [K_W04]
· W4 - zna biegle co najmniej jeden język programowania oraz biblioteki algorytmów struktur danych; ma wiedzę na temat praktycznych uwarunkowań wydajnych implementacji algorytmów [K_W05]
· W5 - ma wiedzę o aktualnych kierunkach rozwoju i o najnowszych odkryciach w zakresie technologii sieciowych[K_W07]
· W6 - ma pogłębioną wiedzę o zastosowaniach obliczeń numerycznych w zastosowaniach medycznych [K_W08]
student potrafi:
· U1 - potrafi określić kierunki dalszego uczenia się i zrealizować proces samokształcenia [K_U07]
· U2 - potrafi posługiwać się nowoczesnymi technikami informatyczno-komunikacyjnymi do komunikacji z innymi [K_U09]
· U3 - potrafi przygotować prostą korelację danych biologicznych i medycznych
[K_U10]
· U4 - potrafi wykonywać obliczenia statystyczne typowe dla zastosowań medycznych [K_U11]
· U5 - potrafi ocenić przydatność i możliwość wykorzystania nowych rozwiązań sprzętowych i programistycznych do rozwiązywania problemów obliczeniowych w biologii i medycynie [K_U13]
· U6 - zna dobrze zasady bezpieczeństwa i higieny pracy w zawodzie bioinformatyka K_U14]
· U7 - potrafi dokonać wstępnej analizy ekonomicznej dotyczącej rozwiązań sprzętowych i programistycznych [K_U15]
· U8 - potrafi dokonać analizy i przeprowadzić ocenę różnic statystycznych systemu biomedycznego [K_U17]
· U9 - projektuje i analizuje algorytmy rozproszone RStudio; potrafi uzasadnić ich poprawność i przeanalizować złożoność [K_U18]
· U10 - projektuje wydajne algorytmy i uzasadnia ich poprawność; rozumie wpływ architektury komputera na sposób wykonywania algorytmów i umie to wykorzystać do ich strojenia [K_U20]
student jest gotów do:
· K1 - nawiązuje i utrzymuje współpracę z innymi; dąży do realizacji celów zespołu poprzez odpowiednie zaplanowanie i organizację pracy swojej i innych [K_K02]
· K2 - myśli twórczo w celu zidentyfikowania problemów, udoskonalenia istniejących bądź stworzenia nowych rozwiązań [K_K03]
· K3 - samodzielnie i efektywnie pracuje z dużą ilością danych, dostrzega zależności poprawnie wyciąga wnioski posługując się zasadami logiki [K_K04]
· K4 - jest nastawiony na jak najlepsze wykonanie zadania; dba o szczegół; jest systematyczny [K_K05]
· K5 - jest nastawiony na nieustanne zdobywanie nowej wiedzy, umiejętności i doświadczeń; ma chęć ciągłego doskonalenie się i podnoszenia kompetencji zawodowych [K_K07]
· K6 - ma i przestrzega zasady i normy obowiązujące w zawodzie bioinformatyka, w tym normy etyczne; rozumie społeczną rolę zawodu informatyka [K_K10]
Kryteria oceniania
W trakcie zajęć efekty kształcenia będą monitorowane poprzez zadania (projekty) do samodzielnego rozwiązania przez studentów. Wykonanie zadań będzie dokumentowane w postaci ocenianych przez prowadzących sprawozdań i opracowań oraz będzie weryfikowane na bieżąco przez osoby prowadzące zajęcia.
UWAGA
1. Zwolnienie lekarskie nie zwalnia ze znajomości materiału. Uprawnia jedynie do zindywidualizowanej formy zaliczenia.
2. Osoby, które otrzymały zgodę na indywidualny tok studiów, mają obowiązek zgłosić się koordynatora przedmiotu w celu ustalenia sposobu realizacji wszystkich efektów uczenia się przypisanych do zajęć. W przypadku braku możliwości realizacji wyżej wymienionych efektów koordynator może odmówić zaliczenia przedmiotu.
3. Obecności na zajęciach jest obowiązkowa. W sytuacjach uzasadnionych nieobecności, student zobowiązany jest do niezwłocznego kontaktu z koordynatorem przedmiotu.
Praktyki zawodowe
Nie dotyczy.
Literatura
Genetyka Medyczna autorzy E. Tobias, M.Connor M. Ferguson-Smith
Więcej informacji
Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb: