Modelowanie i Bioinformatyka Strukturalna 1400-MBS
Na zajęciach będą poruszane następujące zagadnienia:
1. Podstawy programowania w języku Python, podstawowe biblioteki (Pandas, Seaborn, Numpy, BioPython), wizualizacja i przetwarzanie dużej ilości danych
2. Homologa, analogia i koewolucja w kontekście sekwencji i struktur białkowych, pojęcia rodzin i domen białkowych oraz sposoby ich klasyfikacji
3. Bazy danych sekwencji i struktur (AFDB, ECOD, UniProt), dostęp do baz danych z poziomu Pythona
4. Metody sekwencyjne (HHsuite, HMMER, MMseqs2, CCmpred), wykrywanie homologii, określenie funkcji i klasyfikacja białek
5. Metody strukturalne (AlphaFold, FoldSeek, PyMol), modelowanie oligomerów, oddziaływań białko-białko oraz struktur włóknistych
6. Osadzenia (embeddingi) i modele językowe oraz narzędzia na nich oparte, takie jak pLM-BLAST oraz techniki wizualizacji tSNE/UMAP
7. Przeprowadzenie własnego doświadczenia w oparciu o zdobytą wiedzę. Projekt z puli dostępnych projektów lub samodzielnie wymyślony.
|
W cyklu 2024Z:
Tematem zajęć będą techniki bioinformatyczne służące do badania białek w ujęciu ewolucyjnym. Przedstawiona zostanie wiedza z zakresu warsztatu (Linux, Python) oraz narzędzi do analizy struktur i sekwencji białek. Celem zajęć będzie przekazanie praktycznych umiejętności przeprowadzania zarówno analiz wysokoprzepustowych, nastawionych na opisanie różnorodności i ewolucji całych rodzin białkowych, jak i tych skupiających się na analizie pojedynczych białek, szczególnie w kontekście badań doświadczalnych. Zajęcia skierowane są do osób zainteresowanych poszerzaniem swojej wiedzy z zakresu podstaw programowania oraz analizy danych. |
Rodzaj przedmiotu
Koordynatorzy przedmiotu
Efekty kształcenia
WIEDZA
Ma elementarną wiedzę w obszarze bioinformatyki oraz rozumie jej związki i zależności z innymi dyscyplinami przyrodniczymi (K_W01).
Wykazuje znajomość podstaw bioinformatyki, kategorii pojęciowych i terminologii oraz rozwoju metod badawczych w tej dziedzinie (K_W02).
Wykorzystuje narzędzia matematyczne do opisu zjawisk biologicznych (K_W03).
Zna podstawowe techniki i narzędzia bioinformatyczne używane do badania zjawisk przyrodniczych (K_W04).
Posiada wiedzę na temat technik informatycznych i wykorzystuje narzędzia informatyczne do pozyskiwania informacji (K_W08).
UMIEJĘTNOŚCI
Stosuje techniki właściwe dla bioinformatyki (K_U01).
Potrafi czytać ze zrozumieniem literaturę fachową dotyczącą bioinformatyki w języku angielskim (K_U02).
Umie korzystać z dostępnych źródeł informacji (K_U03).
Stosuje metody matematyczne i statystyczne na poziomie podstawowym do opisu zjawisk i analizy danych w bioinformatyce (K_U05).
KOMPETENCJE SPOŁECZNE
Rozwija postawę akceptującą metody matematyczne i statystyczne stosowane w bioinformatyce (K_K02).
Wykazuje odpowiedzialność za własną pracę i powierzony sprzęt oraz szanuje pracę własną i innych (K_K03).
Rozumie potrzebę przekazywania społeczeństwu informacji o nowych osiągnięciach w bioinformatyce i potrafi to robić w sposób zrozumiały (K_K06).
Kryteria oceniania
Realizacja projektu indywidualnego.
Literatura
Xiong J. Podstawy bioinformatyki. Wydawnictwa Uniwersytetu Warszawskiego, Warszawa 2009
Więcej informacji
Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb: