Biodiversity Data – Collection, Management, and Analysis Dane o różnorodności biologicznej – zbieranie, zarządzanie i analiza 1400-BDMM-war
Celem zajęć jest nabycie umiejętności pozyskiwania danych o różnorodności biologicznej w terenie, w laboratorium, z literatury lub z publicznych repozytoriów w sposób maksymalizujący ich naukową wartość i możliwości wykorzystania. Podczas zajęć wykorzystywane są różne aplikacje i narzędzia informatyczne do pozyskiwania danych o różnorodności biologicznej. Zajęcia dostarczają wsparcia w opracowaniu planu zarządzania danymi (ang. Data Manegement Plan) wymaganego we wnioskach o finansowanie projektów badawczych. Tematyka obejmuje:
użycie relacyjnych baz danych wg aktualnych standardów, co umożliwia łatwe wykorzystanie danych zarówno w badaniach własnych, jak i udostępnianie zgodnie z zasadami FAIR (ang. Findable, Accessible, Interoperable, Reusable);
wykorzystanie narzędzi informatycznych służącymi do zbudowania bazy danych oraz do zarządzania dużymi zbiorami danych;
podstawy terminologii i standardów danych o różnorodności biologicznej, w tym zakres danych i metadanych wymagany niezbędny do utrzymania wysokiej jakości zbioru danych;
korzystanie z repozytoriów otwartych danych o różnorodności biologicznej, zasady deponowania i publikacji danych w tych repozytoriach;
omówienie kwestii danych wrażliwych w kontekście otwartych danych o różnorodności biologicznej i odpowiednich środków zaradczych, np. w zakresie precyzyjnych informacji o lokalizacji stanowisk rzadkich gatunków;
użycie metod georeferencjonowania w celu ustalenia lokalizacji na podstawie opisu słownego, np. informacji umieszczonych na etykiecie okazu;
korzystanie z oprogramowania do GIS na potrzeby analizy i wizualizacji danych (np. inwentaryzacja przyrodnicza, struktura przestrzenna populacji – liczebność i zagęszczenie).
Koordynatorzy przedmiotu
Efekty kształcenia
WIEDZA:
K_W01 BI2, K_W04 BI2, K_W09 BI2, K_W11 BI2, K_W17 BI2, K_W18 BI2; K_W03 OS2, K_W06 OS2, K_W13 OS2, WG_03, WG_04, WK_03
Student zna i rozumie:
rozumie złożoność procesów i zjawisk w przyrodzie, których rozwiązanie wymaga podejścia interdyscyplinarnego, opartego na danych empirycznych;
rozumie wzajemne relacje organizm-środowisko, stosując hipotezy dotyczące czasowych i przestrzennych uwarunkowań różnorodności biologicznej;
zna specjalistyczne narzędzia bioinformatyczne, konieczne dla rozwiązywania problemów studiowanej specjalności nauk biologicznych;
zna specjalistyczne metody i techniki prowadzenia badań terenowych w środowisku przyrodniczym oraz sposoby ich wykorzystania w ochronie środowiska przyrodniczego;
zna i rozumie zasady ochrony praw autorskich oraz własności intelektualnej;
dostrzega dynamiczny rozwój nauk przyrodniczych oraz powstawanie nowych dyscyplin badawczych, a także identyfikuje najistotniejsze trendy rozwoju nauk biologicznych w zakresie studiowanej przez siebie specjalności;
zna nowoczesne techniki stosowane w ocenie stanu oraz metody ochrony przyrody i środowiska;
zna zasady planowania badań oraz nowoczesne techniki zbierania danych;
ma pogłębioną wiedzę z zakresu praw autorskich;
zna metodologię badań naukowych w obrębie dyscyplin naukowych z dziedziny nauk ścisłych i przyrodniczych;
zna zasady upowszechniania wyników działalności naukowej w ramach nauk ścisłych i przyrodniczych, także w trybie otwartego dostępu;
zna podstawowe zasady transferu wiedzy do sfery gospodarczej i społecznej oraz komercjalizacji wyników działalności naukowej w obrębie nauk ścisłych i przyrodniczych i know-how związanego z tymi wynikami.
UMIEJĘTNOŚCI
K_U02 BI2, K_U03 BI2, K_U04 BI2, K_U06, K_U08 BI2, KU_11 BI2; K_U01 OS2, K_U02 OS2, K_U10 OS2, UW_02, UW_03, UK_02
Umiejętności studenta:
wykorzystuje specjalistyczne metody i techniki stosowane w pracy terenowej w środowisku przyrodniczym;
wykorzystuje w sposób biegły naukowe i popularnonaukowe teksty biologiczne w języku ojczystym i angielskim oraz komunikuje się w języku angielskim na poziomie B2+;
wykazuje umiejętność krytycznej analizy i selekcji informacji biologicznych, zwłaszcza ze źródeł elektronicznych i mediów;
stosuje adekwatne metody statystyczne oraz algorytmy i techniki informatyczne do opisu zjawisk i analizy danych biologicznych;
potrafi krytycznie opracować wybrany problem biologiczny na podstawie danych literaturowych i wyników własnych badań, formułując własne opinie i wnioski;
posiada umiejętność przygotowania i wygłoszenia wystąpień ustnych w języku polskim i angielskim, zgodnie z wymaganiami określonymi dla poziomu B2+;
stosuje zaawansowane metody i narzędzia statystyczne do analizy danych empirycznych i opisu procesów przyrodniczych;
przewiduje kierunek zmian środowiska przyrodniczego pod wpływem różnych czynników;
potrafi zbierać i interpretować dane empiryczne;
umie dokonywać krytycznej analizy i oceny wyników badań naukowych w obrębie nauk ścisłych i przyrodniczych, działalności eksperckiej i innych prac o charakterze twórczym oraz ich wkładu w rozwój wiedzy;
umie transferować wyniki działalności naukowej do sfery gospodarczej i społecznej;
potrafi upowszechniać wyniki działalności naukowej w obrębie nauk ścisłych i przyrodniczych także w formach popularnych.
KOMPETENCJE SPOŁECZNE
K_K01 BI2, K_K03 BI2, K_K04 BI2, K_K06 BI2; K_K09 OS2, KK_03, KO_01
Student:
rozumie potrzebę uczenia się przez całe życie, inspirując rozwój tej potrzeby u innych;
potrafi przekazać społeczeństwu wiedzę o najnowszych osiągnięciach nauk przyrodniczych i wyjaśnić zasadność prowadzenia podstawowych badań naukowych;
potrafi pracować w zespole, realizując własne badania, współorganizując pracę całego zespołu;
stosuje zasady etyki badawczej, rozstrzygając dylematy związane z wykonywaniem zawodu;
posiada nawyk korzystania z obiektywnych źródeł informacji naukowej;
jest gotów do uznawania znaczenia wiedzy w rozwiązywaniu problemów poznawczych i praktycznych w obrębie danej dyscypliny z zakresu nauk ścisłych i przyrodniczych;
jest gotów do wypełniania zobowiązań społecznych badaczy i twórców.
Kryteria oceniania
Studenci wykonują indywidualny projekt prezentujący zgromadzone dane w wyznaczonych blokach analizy i wizualizacji.
Literatura
Zasoby edukacyjne GBIF: https://www.gbif.org/training
QGIS: https://docs.qgis.org/3.40/en/docs/gentle_gis_introduction/index.html
SQL: https://www.w3schools.com/sql/sql_intro.asp
OpenRefine: https://openrefine.org/docs
rgbif: https://www.gbif.org/tool/81747/rgbif
Darwin Core: https://dwc.tdwg.org/terms/
Więcej informacji
Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb: