Practical course on analysing the diversity of microbial eukaryotes in environments 1400-ADMEE-en
Ten intensywny, tygodniowy kurs praktyczny koncentruje się na metodach metabarkodowania oraz analizie pojedynczych komórek w badaniach różnorodności eukariontów w próbkach środowiskowych pochodzących ze środowisk wodnych, glebowych i jelitowych z wykorzystaniem technologii sekwencjonowania nanoporowego. Studenci poznają pełny proces badawczy, od pobierania próbek środowiskowych i gromadzenia metadanych, poprzez izolację DNA i sekwencjonowanie, aż po analizy różnorodności oraz interpretację danych ekologicznych.
W pierwszej części kursu uczestnicy będą pobierać i przetwarzać różnorodne próbki środowiskowe oraz poznają szereg technik laboratoryjnych, w tym przygotowanie próbek metodą filtracji, izolację DNA z wykorzystaniem różnych protokołów, izolację i manipulację pojedynczych komórek oraz izolację DNA z pojedynczych komórek. Uczestnicy przygotują biblioteki do sekwencjonowania i przeprowadzą sekwencjonowanie przy użyciu platformy Oxford Nanopore MinION.
Druga część kursu będzie poświęcona analizie bioinformatycznej i analizie danych ekologicznych. Uczestnicy będą przetwarzać dane z sekwencjonowanie, szacować i porównywać różnorodność pomiędzy próbkami oraz między różnymi protokołami sekwencjonowania, a także integrować metadane środowiskowe z dalszymi analizami. Ćwiczenia praktyczne obejmą analizy składu zespołu mikroorganizmów eukariotycznych, oszacowanie różnorodności oraz identyfikację wzorców ekologicznych związanych ze zmiennymi środowiskowymi.
Szkoleniu praktycznemu będzie towarzyszył cykl wykładów obejmujących techniczne aspekty metabarkodowania i sekwencjonowania nanoporowego, różnorodność i ekologię mikroorganizmów eukariotycznych w różnych środowiskach oraz metody obliczeniowe danych molekularnych i metody statystyzne w ekologii mikroorganizmów.
Koordynatorzy przedmiotu
Rodzaj przedmiotu
Tryb prowadzenia
Efekty kształcenia
PRK 7
WIEDZA
1. Zna zróżnicowanie strukturalne, genetyczne, metaboliczne i funkcjonalne mikroorganizmów eukariotycznych (K_W03)
2. Rozumie wzajemne relacje mikroorganizm eukariotyczny-środowisko, stosując hipotezy dotyczące czasowych i przestrzennych uwarunkowań różnorodności biologicznej (K_W04)
3. Zna zaawansowane techniki laboratoryjne stosowane w badaniach mikroorganizmów eukariotycznych (K_W12)
4. Zna zasady planowania badań i wykonywania eksperymentów z zastosowaniem specjalistycznych metod stosowanych w badaniach mikroorganizmów eukariotycznych (K_W13)
UMIEJĘTNOŚCI
1. Wybiera i stosuje techniki i narzędzia badawcze adekwatne do problemów biologii mikroorganizmów eukariotycznych (K_U01)
2. Potrafi pod nadzorem opiekuna naukowego planować i wykonać eksperyment z zastosowaniem poznanych metod badania różnorodności mikroorganizmów eukariotycznych (K_U07)
3. Posiada umiejętność przygotowania i wygłoszenia wystąpień ustnych w języku angielskim, zgodnie z wymaganiami określonymi dla poziomu B2+ (K_U11)
KOMPETENCJE SPOŁECZNE
1. Rozumie potrzebę odkrywania nowych gatunków i identyfikacji znanych gatunków mikroorganizmów eukariotycznych i potrafi przekazać tę wiedzę innym (K_K01)
2. Potrafi pracować w zespole, realizując własne badania i współorganizując pracę całego zespołu (K_K04)
PRK8 Szkoła Doktorska Nauk Ścisłych i Przyrodniczych
WIEDZA
1. Posiada zaawansowaną wiedzę na temat nowoczesnych metod badania różnorodności mikroorganizmów eukariotycznych z wykorzystaniem technik molekularnych i technologii sekwencjonowania, w tym metabarkodowania (WG_01, WG_02).
2. Rozumie zależności między różnorodnością mikroorganizmów eukariotycznych a warunkami środowiskowymi, w tym rolę metadanych środowiskowych w analizach ekologicznych (WG_01, WG_03).
3. Zna metodykę pobierania próbek środowiskowych, izolacji DNA, przygotowania bibliotek oraz generowania i analizy danych molekularnych w badaniach mikroorganizmów eukariotycznych (WG_03).
4. Zna podejścia bioinformatyczne i statystyczne stosowane w analizie różnorodności oraz danych ekologicznych (WG_03).
UMIEJĘTNOŚCI
1. Potrafi projektować i prowadzić badania różnorodności mikroorganizmów eukariotycznych z wykorzystaniem metod molekularnych, w tym metabarkodowania (UW_01, UO_01).
2. Potrafi stosować techniki laboratoryjne związane z pobieraniem próbek środowiskowych, filtracją, izolacją DNA, przygotowaniem bibliotek oraz sekwencjonowaniem nanoporowym (UW_01).
3. Potrafi analizować dane molekularne i środowiskowe, interpretować wzorce ekologiczne oraz stosować metody bioinformatyczne i statystyczne (UW_02).
4. Potrafi prezentować i dyskutować wyniki badań naukowych w języku angielskim w międzynarodowym środowisku naukowym (UK_01, UK_04, UK_05).
Kryteria oceniania
Projekt (uzyskanie danych, analiza danych i prezentacja wyników)
Egzamin (prezentacja projektu zaliczeniowego)
Uwagi
|
W cyklu 2026Z:
Kurs przewidziany jest maksymalnie dla 20 uczestników (w tym 10 studentów z Uniwersytetu Warszawskiego) i odbędzie się w Stacji Terenowej Wydziału Biologii w Urwitałcie w dniach 13–22 października 2026 r. (7 dni zajęć). Kurs będzie prowadzony w języku angielskim przez wykładowców z Uniwersytetu Karola w Pradze oraz Uniwersytetu Warszawskiego. Aby się zarejestrować, prosimy o zapisanie się w systemie USOS oraz równolegle wysłanie wiadomości e-mail na adres koordynatorki (a.karnkowska@uw.edu.pl). Umożliwi nam to sprawny kontakt z uczestnikami. W przypadku większej liczby zgłoszeń niż dostępnych miejsc pierwszeństwo będą mieli doktoranci oraz absolwenci kursów z zakresu mikrobiologii (mikrobiologia, mykologia, mykologia terenowa, biologia mikroorganizmów eukariotycznych) oraz bioinformatyki (bioinformatyka, bioinformatyka praktyczna, filogenetyka i metagenomika). Zajęcia są dostępne dla studentów Erasmus goszczących na Wydziale tylko po wcześniejszym uzgodnieniu z koordynatorem przedmiotu. W razie dodatkowych pytań prosimy o kontakt mailowy z koordynatorką (a.karnkowska@uw.edu.pl). |