Wolne oprogramowanie w nauce 1400-236WO-OG

Tematyka zajęć

LaTeX

1. Wstęp, plusy i minusy, opcje instalacji. Struktura kodu źródłowego, jego kompilacja i generowanie plików pdf. Klasy dokumentów. Pierwszy dokument.

2. Wstawianie grafiki, transformacja obrazków na poziomie dokumentu. Automatyczne pozycjonowanie obrazków w dokumencie. Obrazki opływane przez tekst. Odwołania do obrazków.

3. Formuły matematyczne. Układ dokumentu, dokumenty jedno- i dwustronne.

4. Odstępy w dokumencie. Tabele: proste, wielostronicowe, pionowe. Układ logiczny tabeli.

5. Lokalizacja LaTeX'a – pisanie w innym języku niż angielski na przykładzie języka polskiego. Polskie reguły typograficzne. Kodowanie tekstu a znaki diakrytyczne. Użycie wielu języków w jednym dokumencie.
Jednostki w tekście.

6. Biblografia. System wbudowany w LaTeX'a vs pakiety. Baza bibliografii. Lokalizacja językowa pozycji w spisie literatury. Style cytowania stosowane w czasopismach naukowych.

7. Kolory i grafika, pakiet graficzny PGF/TikZ, tworzenie rysunków i wykresów. Tworzenie prezentacji w LaTeX'u.

8. Niestandardowe czcionki w dokumencie. Prezentacje z pakietem beamer. Dobre praktyki przygotowywania prezentacji.

Linux

9. Wolne Oprogramowanie, definicja, historia i filozofia, rola współpracy użytkowników. Fundacja Wolnego Oprogramowania (FSF) i ochrona wolności użytkowników komputerów. Free Software vs Open-source software, licencje.
Wiersz poleceń systemu Linux - Dlaczego?. Nawigacja w systemie plików. Usprawnianie pracy w trybie tekstowym.

10. Linux, wprowadzenie, różnorodność, uruchamianie z płyty CD/DVD i pendrive, opcje instalacji. Wybór programów, zarządzanie oprogramowaniem. Linux vs Windows.
Wiersz poleceń – zarządzanie plikami, kopie zapasowe danych. Wejście i wyjście danych w wierszu poleceń. Łączenie poleceń w sekwencje – potoki.

11. Baza danych w formie pliku tekstowego. Sortowanie i łączenie plików.

12. Wyszukiwanie tekstu w pliku – grep. Wyrażenia regularne.

13. Zamiana łańcuchów znaków w plikach - sed. Wyrażenia regularne.

14. Arkusz kalkulacyjny – awk. Operacje matematyczne, wybór wierszy wg warunków logicznych.
Podsumowanie – przykład użycia wiersza poleceń w bioinfomatyce.

Rodzaj przedmiotu

ogólnouniwersyteckie

Tryb prowadzenia

w sali

Założenia (opisowo)

Przedmiot to wprowadzenie do systemu Linux, wiersza poleceń i systemu LaTeX (czyt. latech). Kurs przeznaczony jest dla osób, które nie miały (lub miały małą) styczność z tymi programami.

Efekty kształcenia

WIEDZA

Po opanowaniu materiału objętego wykładem i ćwiczeniami student:
Ma pogłębioną wiedzę z zakresu praw autorskich.
Zna specjalistyczne narzędzia bioinformatyczne, konieczne dla rozwiązywania problemów studiowanej specjalności nauk biologicznych.

Zna zalety korzystania z systemu Linux i Wolnego Oprogramowania
Wie, jak korzystać z Wolnego Oprogramowania
Zna narzędzia Wolnego Oprogramowania wykorzystywane w nauce

UMIEJĘTNOŚCI

Po opanowaniu materiału objętego wykładem i ćwiczeniami student:
Tworzy pod kierunkiem opiekuna oraz samodzielnie właściwie udokumentowane opracowania.
Wykazuje umiejętność krytycznej analizy i selekcji informacji, zwłaszcza ze źródeł elektronicznych.
Wykazuje umiejętność wyciągania wniosków oraz formułowania sądów na podstawie danych z różnych źródeł

Potrafi wybrać i wykorzystać właściwe narzędzia informatyczne Wolnego Oprogramowania do pracy nad konkretnym problemem.
Potrafi korzystać z dowolnego systemu z rodziny Linux na poziomie środowiska tekstowego.
Potrafi efektywnie korzystać z wiersza poleceń środowiska Linux, pobierać i modyfikować duże pliki danych oraz wybierać z nich żądane informacje.
Umie integrować informacje z plików tekstowych pochodzących z wielu źródeł.
Potrafi wygenerować kod źródłowy w systemie LaTeX. Potrafi generować tabele i wstawiać ilustracje do kodu źródłowego. Potrafi dobrać pakiety odpowiednie do potrzeb.
Potrafi stworzyć prezentację przy użyciu systemu LaTeX
Potrafi utworzyć bibliografię przy użyciu systemu BibLaTeX. Jest w stanie złożyć kod źródłowy systemu LaTeX do opublikowania swoich wyników w czasopiśmie naukowym
Potrafi poszerzać swoją wiedzę, wykorzystując internet i zawarte w nim przykłady do rozwiązania problemów dotyczących pracy z wolnym oprogramowaniem

KOMPETENCJE SPOŁECZNE

Po opanowaniu materiału objętego wykładem i ćwiczeniami student:
Rozumie potrzebę stałego podnoszenia swoich kompetencji zawodowych i społecznych.
Rozumie potrzebę uczenia się przez całe życie, inspirując rozwój tej potrzeby u innych.
Wykazuje inicjatywę i samodzielność w działaniach, potrafi myśleć i działać w sposób przedsiębiorczy.

Wykazuje inicjatywę i samodzielność w działaniach, potrafi myśleć i działać w sposób efektywny
Rozumie zasadę stałego podnoszenia swoich kompetencji zawodowych i społecznych
Rozumie wagę Wolnego Oprogramowania we współczesnym świecie

Kryteria oceniania

Zaliczenie przedmiotu na podstawie sumy punktów z
– wykonania prac domowych,
– samodzielnie napisanego artykułu w systemie LaTeX (postępy będą oceniane na bieżąco).

Praktyki zawodowe

Nie.

Literatura

1. William E. Shotts, Jr, „The Linux Command Line”, linuxcommand.org/tlcl.php/tlcl.php

2. Jan Goyvaerts, „Regular expressions”, www.regular-expressions.info/

3. Bruce Barnett, „The Grymoire – home for UNIX wizards”, www.grymoire.com/Unix/

4. Wikibooks contributors, „LaTeX” Wikibooks, The Free Textbook Project, en.wikibooks.org/w/index.php?title=LaTeX&oldid=3425326.

5. Tobias Oetiker and Contributors, „lshort – A short introduction to LaTeX2e”, ctan.org/tex-archive/info/lshort

Więcej informacji

Więcej informacji o poziomie przedmiotu, roku studiów (i/lub semestrze) w którym się odbywa, o rodzaju i liczbie godzin zajęć - szukaj w planach studiów odpowiednich programów. Ten przedmiot jest związany z programami:

Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb:

Strona przedmiotu 1400-236WO-OG w USOSweb