Autotroficzny Pikoplankton(APP) - blaski i cienie bycia najmniejszym autotrofem w ekosystemach wodnych 1400-236APP

I. Wprowadzenie (Wykład 1)
* Definicja APP
* Historia odkryć
* Występowanie
* System trzech Domen. Miejsce APP w systemie Carla Woese i in. (1990)
* Skład taksonomiczny APP

II. Ekofizjologiczna charakterystyka APP (Wykład 2)
* Konsekwencje małych rozmiarów komórek APP w skrócie
* Wymagania świetlne
* Stosunek do związków biogennych
* Asymilacja N2
* Zdolność do heterotroficznego trybu życia
* Konkurencja z bakteriami

III. Metody badań APP
III-1. Metody wstępnej identyfikacji i wizualizacji i określania liczebności APP (Wykład 3)
* Sposób pobierania prób, utrwalanie, przechowywanie
* Filtracja - filtry
* Podstawy identyfikacji morfologicznej - klasyczne metody klasyfikacji APP - Komarek 1996- wielkość i kształt komórek, sposoby podziału
* Metody wizualizacji, określania liczebności i biomasy APP - mikroskop fluorescencyjny i barwniki fluorescencyjne (zdjęcia spod mikroskopu fluorescencyjnego)
* System komputerowej analizy obrazu (image analysis system); przykłady, zdjęcia
* Cytometr przepływowy

III-2. Metody molekularne w badaniach różnorodność APP (Wykład 4)
* Metody izolacji i hodowli szczepów - zalety i ograniczenia
* Genetyczne techniki odcisku palca (Genetic fingerprinting techniques)
* Izolacja i sekwencjonowanie DNA i genu psbA - 16S rRNA
* biblioteki klonów
* DGGE - elektroforeza w gradiencie denaturującym (Denaturing Gradient Gel Electrophoresis) i TGGE - elektroforeza w gradiencie termicznym (Temperature Gradient Gel Electrophoresis
* FISH - hybrydyzacja fluorescencyjna in situ (Fluorescence in situ hybridization)

III-3. Metody ekofizjologiczne w badaniach APP (Wykład 5)
* Produkcja pierwotna i tempo wzrostu
* Tempo wyjadania (Grazing) i śmiertelności - metody laboratoryjne i terenowe
1.Metoda rozcieńczeń Landry i in. 1995
2.Metoda butch cultures i hodowle ciągłe (continuous cultures)
3.Metoda fluorescencyjnych kulek (fluorescent beads)
4.Zastosowanie inhibitorów metabolizmu
5.Znakowanie izotopami
6.Bezpośrednie określanie liczebności
7.Metody mikro-, makro- i mesosystemów

IV-1. Ekologia APP (Wykład 6)
* Występowanie i dynamika jednokomórkowego oraz kolonijnego prokariotycznego - APP: horyzontalna, wertykalna, sezonowa
* Występowanie i dynamika eukariotycznego APP horyzontalna, wertykalna, sezonowa
* Występowanie APP w różnych typach wód i zależności pomiędzy prokariotycznym i eukariotycznym składnikiem APP
* Sukcesja sezonowa APP i miejsce APP w modelu PEG (Plankton Ecology Group)
* Czynniki wpływające na dynamikę APP - key factors
* Przyczyny śmiertelności APP" grazing, agregacja i sedymentacja, liza wirusowa, pasożytnictwo

IV-2. Ekologia APP cd. (Wykład 7)
* Występowanie APP w zależności od stanu troficznego jezior i znaczenie w biomasie i produkcji fitoplanktonu
* Udział APP w krążeniu węgla
* Koncepcja MOMS - miara siły procesów mikrobiologicznych (The measure of microbial strength)
* Hipoteza tłumacząca dominację prokaryota w wodach oligotroficznych

V. Rola w sieciach troficznych (Wykład 8)
* Mikrobiologiczne sieci troficzne (microbial food webs) - definicja, historia badań i jej miejsce w klasycznej sieci troficznej
* Struktura mikrobiologicznych sieci troficznych w jeziorach o różnym statusie troficznym oraz udział APP
* Konsumenci APP i zależności pomiędzy komponentami mikrobiologicznych sieci troficznych