Molekularne Markery w Diagnostyce Chorób Pasożytniczych 1400-122-MMChP
Kurs przedstawia zastosowanie odpowiednich markerów molekularnych w diagnostyce chorób pasożytniczych oraz analizie różnorodności genetycznej patogenów. W trakcie zajęć wykorzystywane są sekwencje DNA wybranych genów uzyskane z różnych grup pasożytów i patogenów, takich jak Hepatozoon spp., Bartonella spp., Borrelia spp., Catenotaenia spp., Dirofilaria spp., wirus kleszczowego zapalenia mózgu (KZM), a także ektopasożyty (pchły, kleszcze). Kurs obejmuje również nowoczesne techniki analizy genomowej i bioinformatycznej stosowane w diagnostyce molekularnej. Studenci poznają mechanizmy adaptacji patogenów, ich koewolucję z żywicielami oraz ewolucję cykli rozwojowych. Zajęcia rozwijają umiejętność krytycznej analizy danych, projektowania badań oraz interpretacji procesów ewolucyjnych kształtujących współczesne choroby pasożytnicze i odzwierzęce.
Ćwiczenia obejmują dwa uzupełniające się bloki. Pierwsza część ma formę konwersatorium opierającego się na analizie najnowszych publikacji naukowych z czasopism takich jak Nature, Parasitology, PLOS Pathogens, Trends in Parasitology czy Systematic Parasitology. Każdy student przygotowuje jedną prezentację na podstawie artykułu przydzielonego przez prowadzącego. Dyskusje obejmują zagadnienia związane m.in. z zmiennością genetyczna, manipulacją zachowaniem żywiciela, genomiką pasożytów oraz koewolucją pasożyt–żywiciel. Praca z literaturą rozwija umiejętność krytycznej oceny metod badawczych, interpretacji wyników oraz formułowania argumentów naukowych. Połączenie analizy danych molekularnych z dyskusją literaturową zapewnia studentom wszechstronne przygotowanie do badań nad patogenami w ujęciu diagnostyki molekularnej, ekologicznym i filogenetycznym.
Druga część ma charakter praktyczny (komputerowy). Studenci pracują na gotowych sekwencjach DNA patogenów z różnych grup taksonomicznych, uzyskanych z badań terenowych Zakładu Eko-epidemiologii Chorób Pasożytniczych (m.in. protisty, Nematoda, Cestoda, Trematoda). Analizują zarówno geny konserwatywne, jak i szybko ewoluujące. Wykonują wyrównania sekwencji, dobierają modele ewolucyjne, budują drzewa filogenetyczne metodami Maximum Likelihood, Bayesa oraz Neighbor-Joining, a następnie interpretują uzyskane wyniki. Analizy te pozwalają porównywać tempo i kierunki ewolucji, identyfikować specyficzność żywicielską oraz zmienność genetyczną badanych patogenów.
Koordynatorzy przedmiotu
Efekty uczenia się
Wiedza: absolwent zna i rozumie
- złożone problemy badawcze nauk przyrodniczych, które wymagają pogłębionej wiedzy z dziedziny nauk ścisłych (K_W02),
- w pogłębionym stopniu zróżnicowanie strukturalne, genetyczne, metaboliczne i funkcjonalne organizmów żywych oraz ich wzajemne relacje (K_W03),
- wzajemne relacje organizm-środowisko, stosując hipotezy dotyczące czasowych i przestrzennych uwarunkowań różnorodności biologicznej (K_W04),
- wzajemne pokrewieństwa wszystkich żywych organizmów. Zna zaawansowaną metodologię filogenetyczną pozwalającą na ustalenie relacji pokrewieństwa między organizmami (K_W07),
- specjalistyczne narzędzia bioinformatyczne, konieczne dla rozwiązywania problemów studiowanej specjalności nauk biologicznych (K_W09),
- słownictwo fachowe w dziedzinie nauk przyrodniczych w wybranym języku nowożytnym (j. angielski) (K_W12),
Umiejętności absolwenta; absolwent potrafi
- wykorzystywać w sposób biegły naukowe i popularnonaukowe teksty biologiczne w języku ojczystym i angielskim oraz komunikuje się w języku angielskim na poziomie B2+ (K_U03),
- w fachowej literaturze znaleźć prawdopodobne przyczyny niepowodzenia eksperymentów i zmodyfikować odpowiednio przebieg doświadczenia (K_U05),
- pod nadzorem opiekuna naukowego planować i wykonać eksperyment z zastosowaniem poznanych metod; umie zaproponować metody przeprowadzenia wskazanych oznaczeń oraz ocenić przydatność metod i ich ograniczenia dla badanego materiału (K_U07),
- krytycznie opracować wybrany problem biologiczny na podstawie danych literaturowych i wyników własnych badań, formułując własne opinie i wnioski (K_U08),
- prezentować krytycznie prace badawcze z zakresu wybranej specjalności nauk biologicznych z użyciem środków komunikacji werbalnej oraz multimediów (K_U09),
- zbierać i opracowywać dane wykorzystując różne narzędzia badawcze i bioinformatyczne, potrafi wykonać złożone operacje analityczne z użyciem ogólnie dostępnych narzędzi informatycznych (K_U17).
Kompetencje społeczne: absolwent jest gotów do
przekazywania społeczeństwu wiedzy o najnowszych osiągnięciach nauk przyrodniczych i do wyjaśniania zasadności prowadzenia podstawowych badań naukowych (K_K03),
stałego dokształcania się i aktualizowania wiedzy, korzystając ze źródeł naukowych i popularnonaukowych, dotyczących specjalistycznych nauk biologicznych (K_K07).
Kryteria oceniania
Ćwiczenia, prezentacja ustna, a kryterium – jakość i poprawność wyników przedstawionych podczas prezentacj
Literatura
Łatwe Drzewa Filogenetyczne. Poradnik Użytkownika, Hall Barry G.
Podczas zajęć studenci będą otrzymywać najnowszą literaturę naukową, dobieraną na bieżąco do omawianych zagadnień.
Uwagi
|
W cyklu 2026Z:
I połowa semestru - zajęcia w sali 201A, II połowa semestru sala 111A |