Modelowanie w chemii organicznej - laboratorium 1200-2MOCHORLZ
Zapoznanie się z programami: HyperChem i PCModel. Budowanie trójwymiarowych modeli cząsteczek organicznych, optymalizacja ich geometrii z zastosowaniem mechaniki molekularnej i różnych pól siłowych, jak również półempirycznych metod mechaniki kwantowej. Budowanie złożonych cząsteczek, makromolekuł i związków jonowych, minimalizacja ich energii oraz wyznaczanie ładunków atomowych. Badanie konformacji prostych cząsteczek o budowie łańcuchowej lub cyklicznej. Poszukiwanie minimum energetycznego cząsteczki z wykorzystaniem metod dynamiki molekularnej; dynamika molekularna w układach solwatowanych. Generowanie teoretycznych widm IR, UV i NMR.
Całkowity nakład pracy: 75 godz.
w tym:
- udział w zajęciach - 30 godz.
- konsultacje z prowadzącym - 15 godz.
- przygotowanie do uczestnictwa w zajęciach - 30 godz.
Rodzaj przedmiotu
Tryb prowadzenia
Założenia (opisowo)
Koordynatorzy przedmiotu
Efekty kształcenia
Po zakończeniu nauki w ramach tego przedmiotu student zna wybrane programy komputerowe, służące do modelowania molekularnego cząsteczek związków organicznych.
Wiedza:
K_W05 budowę różnych rodzajów kompleksów celów molekularnych z ligandami,
K_W06 mechanizmy działania leków na poziomie molekularnym,
K_W13 podstawowe algorytmy, narzędzia informatyczne i bazy danych stosowane w badaniach i obliczeniach naukowych,
K_W23 Specyfikę pracy nad projektowaniem leków oraz zagadnienia dotyczące cyklu życiowego substancji leczniczych
Umiejętności:
K_U02 zastosować odpowiednie metody, techniki, narzędzia badawcze i informatyczne konieczne dla wyjaśnienia postawionego problemu badawczego,
K_U04 korzystać z internetowych baz danych struktur białkowych i substancji małocząsteczkowych oraz programów do wizualizacji, dynamiki, dokowania ligandów i przewidywania ich własności,
K_U05 budować i modyfikować związki oraz optymalizować ich oddziaływania z białkami i DNA,
K_U20 korzystać z literatury fachowej, baz danych oraz innych źródeł informacji, oraz umiejętność oceny rzetelności pozyskanych informacji.
Kompetencje społeczne:
K_K01 ciągłego dokształcania się oraz samodzielnego wyszukiwania informacji w literaturze, także obcojęzycznej,
K_K04 krytycznej oceny treści naukowych i popularnonaukowych
Kryteria oceniania
Zaliczenie na ocenę na podstawie dwóch zadań, polegających na samodzielnym wymodelowaniu złożonego związku organicznego i znalezieniu jego odpowiednich parametrów.
Praktyki zawodowe
nie dotyczy
Literatura
1.Marek Doskocz, Jacek Doskocz, Szczepan Roszak, Roman Gancarz, Modelowanie molekularne w chemii organicznej, Druk. Politechniki Wroclawskiej, Wroclaw 2007.
2.HyperChemT Professional 7.51, Hypercube, Inc., 1115 NW 4th Street, Gainesville, Florida 32601, USA; http://www.hyper.com.
Więcej informacji
Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb: