Cheminformatyka 1200-2CHINFWZ
Wykład zaznajamia studenta z metodami generowania informacji stanowiących podstawę współczesnych metod projektowania leków. W pierwszej części przedstawione będą metody chemii fizycznej i obliczeniowej dostarczające informacji na temat właściwości fizykochemicznych związków oraz metody biochemiczne dostarczające informacji na temat odpowiedzi komórkowej. Omówione zostaną sposoby reprezentacji tych danych w repozytoriach oraz metody konstrukcji dużych zbiorów danych. Podczas wykładu przedstawione zostaną podstawowe techniki eksploracji danych, m.in. sieci neuronowe i metody uczenia maszynowego. Na przykładzie kinaz i receptorów GPCR, przedstawione zostanie pozyskiwanie danych o znaczeniu farmakologicznym, ich analiza i zastosowanie w wirtualnym skriningu opartym na właściwościach ligandów.
Kierunek podstawowy MISMaP
biologia
chemia
biotechnologia
fizyka
matematyka
Rodzaj przedmiotu
Tryb prowadzenia
Założenia (opisowo)
Koordynatorzy przedmiotu
Efekty kształcenia
Po zakończeniu procesu kształcenia student będzie potrafił wymienić typy danych gromadzonych w repozytoriach biologicznych oraz opisać w sposób podstawowy metody ich generowania. Student będzie potrafił, na dowolnym przykładzie, przedstawić proces przetwarzania danych o znaczeniu farmakologicznym, uwzględniający ich redukcję i konwersję do deskryptorów za pomocą jednej wybranej metody spośród poznanych. Student będzie potrafił omówić zastosowanie tych danych w procesie projektowania leków opartym na właściwościach ligandów. Po zakończeniu procesu kształcenia student będzie potrafił omówić na wybranym przykładzie zastosowanie technik eksploracji danych w projektowaniu leków.
Kryteria oceniania
Egzamin ustny przeprowadzony w sali, obejmujący zagadnienia poruszane na wykładzie. Wymagana obecność na zajęciach oraz zaliczenie laboratorium, możliwe dwie nieusprawiedliwione nieobecności.
Praktyki zawodowe
nie dotyczy
Literatura
1. M. Szeliga, Data Science i uczenie maszynowe, PWN 2017
2. T. Morzy, Eksploracja danych. Metody i algorytmy, PWN 2020
3. A. Bąk, J. Polański, Podstawy chemoinformatyki leków, Wydawnictwo Uniwersytetu Śląskiego, Katowice 2018.
4. P. Graham, Chemia medyczna, PWN, Warszawa 2019.
5. Dodatkowa literatura podana w trakcie zajęć.
Więcej informacji
Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb: