Bioinformatyka 1200-2BL9WPRL1

Wykład:

Sposób zapisu informacji w sekwencjach DNA i białek. Sekwencjonowanie genomów. Relacje pomiędzy sekwencją, strukturą i funkcją biopolimerów. Rola bioinformatyki w biologii, medycynie, farmakologii i biotechnologii. Porównywanie sekwencji DNA i białek. Bazy sekwencji białek (GenBank, SwissProt, PDB). Format zapisu sekwencji DNA i białek. Macierze podstawień (podobieństwa). Profile sekwencyjne i ich znaczenie. Porównanie lub uliniowienie sekwencji (alignment). Programy Blast, PsiBlast i FASTA. Uliniowienie wielu sekwencji (MSA- multiple sequence alignments). Bazy danych PROSITE, Pfam i BLOCKS. Programy CLUSTAL, MSA i MultAlign. Struktury przestrzenne białek. Baza struktur białek PDB. Format zapisu struktur. Wizualizacja struktur białkowych. Programy RasMol i Biodesigner. Analiza struktur białek. Porównywanie struktur białek. Optymalne nałożenie struktur. Pojęcie średniej kwadratowej różnicy współrzędnych struktur. Przewidywanie struktury II-rzędowej białek. Klasyfikacja DSSP struktury II-rzędowej. Inne definicje struktury II-rzędowej. Programy PHD i PsiPRED. Przewlekanie (threading) sekwencji. Uliniowienie ekwencyjno- strukturalne jako metoda przewidywania struktury białek. Rożne koncepcje przewlekania. Serwery threadingowe. Metaserwery. Przewidywanie struktury i funkcji białek. Modelowanie porównawcze, przewlekanie i metody ab initio. Program SWISS-MODEL i MODELLER. Dokowanie ligandów.

Laboratorium:

W trakcie ćwiczeń laboratoryjnych studenci poznają bazy sekwencji i struktur przestrzennych białek i innych biopolimerów. Główny nacisk położony jest na sposoby komunikacji z licznymi serwerami, które pozwalają uzyskiwać informacje strukturalne i funkcjonalne. Przewidywane są również ćwiczenia z modelowania komparatywnego i dokowania ligandów do receptorów białkowych, oraz inne zadania z zakresu komputerowego projektowania nowych enzymów i leków.