Elementy bioinformatyki i zarządzania danymi w chemii medycznej 1200-1CHMELBIOL4
Prezentowanie wyników eksperymentalnych w profesjonalny sposób. Struktura, założenia i potrzebne oprogramowanie. Metody autoprezentacji – forma, zasady poprawnego referowania zagadnień naukowych, dostępne narzędzia.
Analiza DNA i RNA na platformie Benchling.
Oprogramowanie służące do tworzenia i edycji struktur związków chemicznych, szlaków chemicznych oraz metabolicznych. Wykorzystanie dostępnych narzędzi do tworzenia ilustracji z zakresu chemii i biochemii (szlaki sygnałowe, helisy, β-kartki, enzymy, receptory, etc.). Inkorporacja uzyskanych struktur w tekst naukowy (MarvinSketch).
Bazy danych związków biologicznie czynnych. Wyszukiwanie struktur 3D białek, kwasów nukleinowych oraz ligandów pozwalające na zrozumienie aspektów biomedycznych, od syntezy protein po szlaki metaboliczne (m. in. Protein Data Bank, MEROPS). Budowanie i wizualizacja modeli molekuł ze szczególnym uwzględnieniem układów o znaczeniu biochemicznym (DNA i RNA o konkretnej sekwencji). Oddziaływania wewnątrz- i międzycząsteczkowe, w tym symulacja wiązań wodorowych (Avogadro, VMD).
Koordynatorzy przedmiotu
Rodzaj przedmiotu
Tryb prowadzenia
Założenia (opisowo)
Efekty kształcenia
Efekty przedmiotowe:
Student posiada umiejętności redagowania tekstu naukowego zawierającego wykresy i tabele, a także wzory strukturalne związków chemicznych oraz zaprezentowania danych eksperymentalnych w profesjonalny sposób. Zdolność krytycznego przeglądu literatury fachowej, wyszukania artykułów z zakresu chemii, biochemii i biologii.
Student potrafi wykonać analizę struktur kwasów nukleinowych na platformie Benchling. Umie zaprojektować odpowiednie startery do zadanego fragmentu DNA oraz wykonać trawienie enzymami restrykcyjnymi.
Student umie odszukać w bazach danych odpowiednie struktury związków stosowanych w chemii medycznej oraz maksymalnie wykorzystać dostępne dla nich informacje.
Student zna i rozumie w zaawansowanym stopniu pojęcia z zakresu matematyki umożliwiająca posługiwanie się aparatem matematycznym w chemii i naukach biomedycznych. Zna podstawowe metody informatyczne i statystyczne umożliwiające analizę uzyskiwanych danych eksperymentalnych oraz techniki komputerowe przydatne w pracy chemika (K_W04).
Student potrafi posługiwać się metodami numerycznymi (wykorzystując poznane pakiety oprogramowania) w celu rozwiązania wybranych problemów fizycznych, chemicznych i biochemicznych na poziomie ilościowym oraz planować i wykonywać podstawowe badania, doświadczenia, obserwacje i symulacje komputerowe w dziedzinie chemii, biochemii i biologii molekularnej, oraz krytycznie ocenić własne wyniki, wraz z dyskusją błędów pomiarowych (K_U04, K_U015).
Maksymalna liczba nieobecności umożliwiającej osiągnięcie efektów uczenia się - 2.
Kryteria oceniania
W trakcie zajęć będą przeprowadzone krótkie sprawdziany nabytych umiejętności. Oceniana będzie również aktywność. Zaliczenie na ocenę.
Całkowity nakład pracy studenta: 2*30 = 60 godzin.
- udział w zajęciach: 30 godzin
- przygotowanie raportów: 20 godzin
- konsultacje z prowadzącymi: 5 godzin
- kolokwia działowe: 5 godzin
Praktyki zawodowe
Nie dotyczy.
Literatura
Materiały przygotowane i udostępniane przez prowadzących zajęcia.