Elementy bioinformatyki i zarządzania danymi w chemii medycznej 1200-1CHMELBIOL4
Prezentowanie wyników eksperymentalnych w profesjonalny sposób. Struktura, założenia i potrzebne oprogramowanie. Metody autoprezentacji – forma, zasady poprawnego referowania zagadnień naukowych, dostępne narzędzia.
Analiza DNA i RNA na platformie Benchling.
Oprogramowanie służące do tworzenia i edycji struktur związków chemicznych, szlaków chemicznych oraz metabolicznych. Wykorzystanie dostępnych narzędzi do tworzenia ilustracji z zakresu chemii i biochemii (szlaki sygnałowe, helisy, β-kartki, enzymy, receptory, etc.). Inkorporacja uzyskanych struktur w tekst naukowy (MarvinSketch).
Bazy danych związków biologicznie czynnych. Wyszukiwanie struktur 3D białek, kwasów nukleinowych oraz ligandów pozwalające na zrozumienie aspektów biomedycznych, od syntezy protein po szlaki metaboliczne (m. in. Protein Data Bank, MEROPS). Budowanie i wizualizacja modeli molekuł ze szczególnym uwzględnieniem układów o znaczeniu biochemicznym (DNA i RNA o konkretnej sekwencji). Oddziaływania wewnątrz- i międzycząsteczkowe, w tym symulacja wiązań wodorowych (Avogadro, VMD).
Rodzaj przedmiotu
Tryb prowadzenia
Założenia (opisowo)
Koordynatorzy przedmiotu
Efekty kształcenia
Student zna i rozumie w zaawansowanym stopniu pojęcia z zakresu matematyki umożliwiająca posługiwanie się aparatem matematycznym w chemii i naukach biomedycznych. Zna podstawowe metody informatyczne i statystyczne umożliwiające analizę uzyskiwanych danych eksperymentalnych oraz techniki komputerowe przydatne w pracy chemika (K_W04).
Student potrafi posługiwać się metodami numerycznymi (wykorzystując poznane pakiety oprogramowania) w celu rozwiązania wybranych problemów fizycznych, chemicznych i biochemicznych na poziomie ilościowym oraz planować i wykonywać podstawowe badania, doświadczenia, obserwacje i symulacje komputerowe w dziedzinie chemii, biochemii i biologii molekularnej, oraz krytycznie ocenić własne wyniki, wraz z dyskusją błędów pomiarowych (K_U04, K_U015).
Maksymalna liczba nieobecności umożliwiającej osiągnięcie efektów uczenia się - 2.
Kryteria oceniania
W trakcie zajęć będą przeprowadzone krótkie sprawdziany nabytych umiejętności. Oceniana będzie również aktywność. Zaliczenie na ocenę.
Całkowity nakład pracy studenta: 2*30 = 60 godzin.
- udział w zajęciach: 30 godzin
- przygotowanie raportów: 20 godzin
- konsultacje z prowadzącymi: 5 godzin
- kolokwia działowe: 5 godzin
Praktyki zawodowe
Nie dotyczy.
Literatura
Materiały przygotowane i udostępniane przez prowadzących zajęcia.
Więcej informacji
Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb: