Projektowanie leków 1100-4PM13
Metody obrazowania powierzchni receptorów. Najważniejsze typy
oddziaływania niekowalencyjnych, na poziomie mikroskopowym i mezoskopowym, Model
klucz-zamek vs. dopasowanie ligand-receptor - efekty entropowe. Wpływ rozpuszczalnika,
efekt desolwatacji. Zarys rozwoju nowych metodologii, m.in. pełnego wzajemnego
dopasowania się receptora i inhibitora. Makromolekuły jako cel działania leku. Sposoby
przygotowania receptora pochodzącego z różnych źródeł (Xray, NMR, HomMod). Analiza
centrum aktywnego oraz metody przewidywania centrum aktywnego.
Przegląd baz małych cząsteczek, metody przeszukiwania baz (2D, 3D, problem
konformacyjny). Porównywanie cząsteczek – metody wyliczania podobieństwa, deskryptory
molekularne, współczynnik podobieństwa i współczynnik odległości (Tanimoto, etc), budowa
farmakoforów. Metody projektowania bibliotek (różnorodność – diversity set), wybór
„lekopodobnych cząsteczek” , reguła Lipińskiego, chemia kombinatoryczna.
Wykorzystanie baz cząstek chemicznych do dokowania (przegląd algorytmów i
oprogramowania) . Projektowanie de-novo, automatyczne metody tworzenia cząsteczek:
inside-out i outside-in, definiowanie miejsc lokalizacji grup chemicznych, wady i zalety
podejścia. Projektowanie na podstawie znanych związków bądź cech (farmakoforu),
projektowanie analogów.
Wyliczanie energii wiązania z pól siłowych, metody wyznaczania różnic energii swobodnej,
m.in. komputerowej alchemii. Przegląd funkcji oceniających dopasowanie, zalety i wady.
Wyliczanie energii desolwatacji.
QSAR: zależność aktywności od struktury, metodologia, przegląd równań, walidacja,
chiralność i aktywność biologiczna, ADME.
Rodzaj przedmiotu
Efekty kształcenia
- zna typowe problemy projektowania leków (K_W07)
- ma podstawową wiedzę dotyczącą uwarunkowań prawnych i etycznych związanych z działalnością naukową i dydaktyczną (K_W11)
- zna ogólne zasady tworzenia i rozwoju form indywidualnej przedsiębiorczości, wykorzystującej wiedzę z zakresu bioinformatyki (K_W12)
- potrafi analizować strukturę i funkcję układów biomolekularnych związanych z procesami chorobowymi (K_U10)
- potrafi wykorzystywać nabytą wiedzę w innych dziedzinach, m.in. w diagnostyce medycznej, projektowaniu leków oraz w zagadnieniach biologii medycznej, genomiki, proteomiki oraz biologii systemów (K_U11)
- potrafi dokonać analizy właściwości zarówno małych cząsteczek jak i receptora (K_U12)
- potrafi dokonać wyboru metody projektowania leków w zależności od typu problemu i danych jakimi dysponuje (K_U13)
- ma świadomość odpowiedzialności za podejmowane inicjatywy badań, eksperymentów lub obserwacji (K_K02)
- rozumie i docenia znaczenie uczciwości intelektualnej w działaniach własnych i innych osób; postępuje etycznie (K_K03)
- potrafi myśleć i działać w sposób przedsiębiorczy (K_K06)
Więcej informacji
Więcej informacji o poziomie przedmiotu, roku studiów (i/lub semestrze) w którym się odbywa, o rodzaju i liczbie godzin zajęć - szukaj w planach studiów odpowiednich programów. Ten przedmiot jest związany z programami: