Genomika porównawcza 1000-719GP2
1. Podstawowe pojęcia: geny, gatunki, genomy, ewolucja, uliniowienia, porównywanie sekwencji.
2. Modele ewolucji sekwencji.
3. Inferencja drzew: maksymalizacja wiarygodności, maksymalizacja parsymonii, metoda łączenia sąsiadów.
4. Metody bayesowskie.
5. Klastrowanie sekwencji molekularnych.
6. Metody klastrowania hierarchicznego.
7. Bootstrapping.
8. Metody konsensusowe.
9. Superdrzewa.
10. Drzewa uzgadniające.
11. Sieci filogenetyczne.
Koordynatorzy przedmiotu
Rodzaj przedmiotu
Efekty uczenia się
ma wiedzę o zaawansowanymi metodach stosowanych w genomice porównawczej (K_W04)
potrafi wykonywać obliczenia związane z porównywaniem genomów i interpretować ich wyniki (K_U07)
Kryteria oceniania
Łącznie można uzyskać 100 pkt: sprawdziany — 20 pkt, projekt — 20 pkt, egzamin pisemny — 60 pkt.
1. Laboratorium: wymagane jest wykonanie i terminowe przesłanie co najmniej 6 z 13 zadań, w tym trzy konkretne zadania, które należy osobiście zaprezentować i zaliczyć. Pozostałe przesłane zadania będą sprawdzane offline. Zadania nie dają osobnych punktów.
2. Sprawdziany: dwa sprawdziany z rozumienia zadań laboratoryjnych, po 45 minut i 10 pkt, pod koniec listopada i w styczniu. Zakres obowiązuje wszystkich, niezależnie od wybranych zadań. Przewidziano wspólny termin poprawkowy; dla każdego sprawdzianu liczy się lepszy wynik.
3. Projekt: część podstawowa — 14 pkt, dwa opcjonalne rozszerzenia — po 3 pkt. Zaliczenie wymaga co najmniej 8 pkt z części podstawowej oraz pozytywnej osobistej prezentacji i obrony. Rozszerzenia nie zastępują minimum.
4. Ocena końcowa: wymagane jest spełnienie warunków dotyczących laboratorium i projektu oraz uzyskanie co najmniej 60 pkt łącznie. Progi ocen: 60–<65 pkt — 3,0; 65–<70 — 3,5; 70–<75 — 4,0; 75–<80 — 4,5; od 80 — 5,0.
5. Termin zerowy: wymagane są zaliczone zadania i prezentacje, minimum 5/10 z każdego sprawdzianu oraz projekt oddany w terminie i obroniony na ostatnich zajęciach. Propozycja oceny opiera się na maksymalnie 40 pkt ze sprawdzianów i projektu; odrębne progi zostaną ogłoszone przed pierwszym sprawdzianem. Można nie przyjąć propozycji i przystąpić do egzaminu.
6. Samodzielność: pomoc AI podczas przygotowania rozwiązań jest dopuszczalna, o ile zadanie nie stanowi inaczej; jej zakres należy ujawnić. Student odpowiada za rozwiązanie i musi je rozumieć. Sprawdziany oraz indywidualna weryfikacja odbywają się bez AI i pomocy innych osób.
Literatura
1. Joseph Felsenstein, Inferring Phylogenies
2. Paul G. Higgs, Teresa K. Attwood, Bioinformatics and Molecular Evolution
3. R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchson, Biological Sequence Analysis.
Więcej informacji
Więcej informacji o poziomie przedmiotu, roku studiów (i/lub semestrze) w którym się odbywa, o rodzaju i liczbie godzin zajęć - szukaj w planach studiów odpowiednich programów. Ten przedmiot jest związany z programami: