Architektura dużych projektów bioinformatycznych 1000-717ADP
Formaty danych w bioinformatyce.
Projekty Bioperl, Biopython i podobne.
Najważniejsze bioinformatyczne bazy danych (UniProt, PDB, RefSeq, GenBank, ENA, InterPro i inne).
Licencjonowanie oprogramowania dla nauki. Licencje wolno-dostępne. Patentowanie.
Rozwój dużych projektów, wykorzystanie systemów kontroli wersji (SVN, GIT), systemy współpracy online - github, sourceforge.
Testowanie oprogramowanie, automatyzacja testów.
Metadane, ontologie, schematy baz danych. Generic Model Organism Database (GMOD). BioMart i BioMoby.
Przeglądarki genomowe, wersje lokalne i online.
Systemy obliczeniowe o dużej wydajności (ang. High-performance computing, HPC)
Wprowadzenie do systemu Galaxy. Omówienie systemu Taverna. Użycie publicznie udostępnianych procedur z serwisu MyExperiment.
Pakiety obliczeniowe - Rstudio, jupyter
Kierunek podstawowy MISMaP
biologia
informatyka
Rodzaj przedmiotu
Tryb prowadzenia
Założenia (opisowo)
Koordynatorzy przedmiotu
Efekty kształcenia
- ma wiedzę o technologiach zarządzania danymi biologicznymi (K_W01)
- ma wiedzę o technologiach zarządzania oprogramowaniem bioinformatycznym (K_W02)
- ma podstawową wiedzę dotyczącą uwarunkowań prawnych i etycznych związanych z działalnością naukową i dydaktyczną (K_W11)
- potrafi tworzyć zaawansowane procedury analizy danych ( K_U03)
- umie posługiwać się systemami do tworzenia procedur bioinformatycznych (K_U04)
- potrafi w przystępny sposób opisać cel, założenia i algorytm procedury bioinformatycznej (K_U05)
Kryteria oceniania
oceny z prac domowych związanych z poszczególnymi laboratoriami oraz zespołowy projekt zaliczeniowy i prezentacja na wybrany temat
Literatura
Materiały do wykładu na stronie www:
https://www.mimuw.edu.pl/~lukaskoz/teaching/adp/
Więcej informacji
Więcej informacji o poziomie przedmiotu, roku studiów (i/lub semestrze) w którym się odbywa, o rodzaju i liczbie godzin zajęć - szukaj w planach studiów odpowiednich programów. Ten przedmiot jest związany z programami:
Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb: