Komputerowe wspomaganie projektowania leków 1200-2CHMMO1W1
Na wykładzie będą omawiane założenia metod projektowania leków i przykłady ich wykorzystania. Aby pokazać szerszy kontekst zastosowania tych metod zostanie zrobiony przegląd różnorodnych celów molekularnych (białek, DNA, RNA) z ligandami/lekami w celu porównania ich konformacji bioaktywnych, roli poszczególnych oddziaływań w energii wiązania leku, roli cząsteczek wody oraz roli entropii w procesie wiązania leku.
Zostanie przedstawiony typowy eksperyment vHTS (virtual high-throughput screening) i jego poszczególne składowe tj. dokowanie molekularne z przeglądem algorytmów i oprogramowania, wykorzystanie baz cząstek chemicznych, ocena konformacji ligand-receptor wykorzystując różnorodne metody oceny, macierz błędu, krzywe ROC, AUC oraz współczynnik wzbogacenia (enrichment factor). Oprócz tego, zostaną zaprezentowane metody uczenia maszynowego w projektowaniu leków, oraz metoda FEP (free energy perturbation) do dokładnego wyznaczania różnic w sile wiązania leków.
Omówione zostaną także metody stosowane w przypadku braku znajomości struktury celu molekularnego, oparte na właściwościach samych ligandów (farmakofor), projektowanie leków peptydowych i peptydomimetyków, oraz właściwości i projektowanie przeciwciał.
Kierunek podstawowy MISMaP
informatyka
biologia
fizyka
chemia
matematyka
Rodzaj przedmiotu
Tryb prowadzenia
mieszany: w sali i zdalnie
Założenia (lista przedmiotów)
Założenia (opisowo)
Koordynatorzy przedmiotu
Efekty kształcenia
Wiedza: student zna i rozumie główne metody stosowane przy projektowaniu leków. Zna ograniczenia poszczególnych metod, w zakresie ich dokładności i szybkości. Wykorzystuje swą wiedzę do wyboru właściwych metod, lub ich kombinacji, skierowanych na wybrane cele molekularne.
Umiejętności: student potrafi sformułować hipotezę badawczą, dokonywać krytycznej analizy wyników, oraz wnioskować na ich podstawie.
Kompetencje społeczne: student rozumie i docenia znaczenie uczciwości intelektualnej w działaniach własnych i innych osób; potrafi myśleć i działać w sposób przedsiębiorczy; potrafi wykorzystywać nabytą wiedzę w innych, pokrewnych dziedzinach.
Kryteria oceniania
Wymagania związane z uczestnictwem w zajęciach - brak.
Dopuszczalna liczba nieobecności usprawiedliwionych – 1 na 7 wykładów.
Egzamin testowy z ok. 50% pytań zamkniętych i 50% pytań otwartych -
tak samo dla zaliczenia poprawkowego.
Wymagane minimum 50% poprawnych odpowiedzi do zaliczenia.
Praktyki zawodowe
Nie dotyczy
Literatura
Literatura zalecana:
1. Graham L. Patrick, “An introduction to medicinal chemistry”, Oxford University Press, 2009; lub nowsza.
2. Graham L. Patrick, „Chemia medyczna. Podstawowe zagadnienia”, WNT, Warszawa, 2003; lub nowsza.
Więcej informacji
Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb: