Technologie w skali genomowej 2 1000-719TG2
Omówienie różnych technik sekwencjonowania nowej generacji. Porównanie typowych zastosowań dla różnych metod, ich zalet i ograniczeń. Projektowanie eksperymentów skwencjonowania oraz metody statystyczne dla kontroli jakości wykonanych eksperymentów.
Metody analizy danych :
-w kontekście znanych genomów:
- sekwencjonowanie całych genomów
- sekwencjonowanie próbek selekcjonowanych (transkryptomy, egzomy, immunoprecypitacja)
- sekwencjonowanie "de novo" bez znajomości genomu
- sekwencjonowanie "metagenomów"
Problemy algorytmiczne i ich typowe rozwiązania:
- Asemblacja sekwencji na podstawie krótkich odczytów (m.in. zastosowania grafów deBruijna)
- mapowanie do genomów (m.in. transformata Burrows'a-Wheeler'a i index Ferragina-Manzini'ego)
- Wykrywanie i reprezentacja osobniczych różnic w genomach (analiza pojedynczych mutacji oraz zaburzeń liczby kopii w różnego rodzaju danych genomowych).
Problemy związane z szacowaniem różnic pomiędzy eksperymentami:
- rozkłądy stosowane do wykrywania różnicowej ekspresji genów w RNA-seq
- wykrywanie microRNA i long-non-coding-RNA w danych z sekwencjonowania
Rodzaj przedmiotu
Efekty kształcenia
Wiedza:
- znajomość typowych technik całogenomowych nowej generacji
- znajomość podstawowych rozkładów statystycznych opisujących nowoczesne pomiary na skalę genomową i algorytmów do ich analizy
Umiejętności:
- umiejętność wyboru właściwej techniki do zastosowania w danym problemie biologicznym.
- umiejętność właściwiego zaprojektowania eksperymentów z
wykorzystaniem technologii wielkoskalowych
genomicznych i proteomicznych oraz analiza otrzymanych
danych (K_U15)
- umiejętność wyboru modelu statystycznego do reprezentacji wyniku eksperymentu
- umiejętność implementacji wybranych algorytmów do analizy danych z sekwencjonowania nowej generacji
Kryteria oceniania
Podczas laboratorium, studenci będą pracować nad projektami zaliczeniowymi związanymi z analizą danych z sekwencjonowania. Ocena końcowa jest pochodną oceny z projektu i egzaminu ustnego.
Literatura
"Large-scale Genome sequence processing" M. Kasahara i S. Morishita, Imperial College Press, 2006
"Bioinformatics for HIgh Throughput Sequencing" M. Rodrigez-Ezpeleta, M. Hackenbetrg i A.M. Aransay, Springer, 2012
Więcej informacji
Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb: