Wybrane zagadnienia genomiki funkcjonalnej 1000-2M22TFG
Metody omówione w tym kursie są istotne dla kilku celów zrównoważonego rozwoju ONZ, w których częścią rozwiązania jest nowoczesna biologia molekularna, w tym celów dotyczących produkcji żywności i bioenergii.
Zajęcia będą obejmować wykłady/dyskusje grupowe i nadzorowane ćwiczenia komputerowe. Wykłady będą miały na celu przede wszystkim zapoznanie studentów z teorią metod bioinformatycznych, podczas gdy laboratoria pokażą, w jaki sposób metody te można wykorzystać w praktyce.
Tematyka kolejnych wykładów:
- Wprowadzenie do genomiki funkcjonalnej
- Transkryptomika
- Różnicowa analiza ekspresji
- Analiza skupień
- Uczenie maszynowe
- Sieci
- Metabolomika i proteomika
- Integracja danych
Rodzaj przedmiotu
Efekty kształcenia
WIEDZA: Po ukończeniu tego kursu studenci będą posiadać ogólną wiedzę na temat różnych typów danych generowanych w ramach genomiki funkcjonalnej (dane „omics”: transkryptomika, proteomika, metabolomika i epigenomika) i będą w stanie wyjaśnić teorię stojącą za najczęstszymi bioinformatycznymi metodami analizowania takich danych. Metody te obejmują znajdowanie genów i zestawów genów o różnej ekspresji, uczenie maszynowe, grupowanie i analizę sieci oraz metody integracji danych „omics” i wiedzy biologicznej np. ontologie (K_W08).
UMIEJĘTNOŚCI: Po ukończeniu tego kursu studenci będą w stanie analizować dane „omics” przy użyciu różnych metod, a także będą w stanie zrozumieć i zinterpretować wyniki otrzymane za pomocą tych metod (K_U04). Mając zadane zestaw danych i pytanie biologiczne, studenci powinni być w stanie ocenić, jakich metod i narzędzi użyć, aby odpowiedzieć na to pytanie (K_U07).
KOMPETENCJE: Studenci będą potrafili przeprowadzać powtarzalną analizę danych generowanych w ramach genomiki funkcjonalnej i będą wyposażeni w zdolność modyfikowania odpowiednich metod, gdy w przyszłości pojawią się nowe typy danych (K_K01, K_K02).
Kryteria oceniania
Aby zaliczyć kurs, należy uzyskać zatwierdzenie dwóch raportów z tygodnia 1 i tygodnia 2.
Literatura
Publikacje z projektu ENCODE:
https://www.encodeproject.org/publications/
Więcej informacji
Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb: