Symulacje komputerowe w biologii i medycynie 4010-SBM
● Podstawowe pojęcia z termodynamiki.
● Mechanika i dynamika molekularna.
● Analiza wyników symulacji dynamiki molekularnej.
● Podstawy biologii molekularnej i komórkowej:
- budowa komórek eukariotycznych i prokariotycznych;
- genetyka molekularna (m. in. molekularna analiza RNA);
- struktura i funkcje białek.
● “Wstęp do badań onkologicznych”, w szczególności skupiający się na dokładnym opisie i zagadnieniach genetyki człowieka jak:
- mutacjach somatycznych i germinalnych;
- fuzjach genowych i metylacji DNA.
● Genome wide mapping.
● Podstawowe modele matematyczne populacji w ekosystemie.
● Modele epidemiologiczne.
● Proste modele odpowiedzi immunologicznej.
● Modele reakcji biochemicznych i modelowanie ścieżek sygnałowych.
● Modele przestrzenne;
- modele kompartmentowe;
- dyfuzja w procesach biologicznych;
- modele agentowe.
● Onkologia matematyczna;
- wybrane modele dynamiki nowotworów.
Efekty kształcenia
Efekty uczenia: podstawowe pojęcia
Student zna i rozumie:
● wybrane pojęcia biologii molekularnej i komórkowej;
● wybrane pojęcia z zakresu genetyki człowieka;
● wybrane pojęcia dynamiki molekularnej;
● znaczenie związane z doborem właściwego narzędzia do przeprowadzenia wybranych symulacji;
● wybrane modele matematyczne dynamiki populacji.
Student potrafi:
● zbudować proste modele oddziaływujących populacji w ekosystemie;
● przygotować prosty układ molekularny do symulacji,
● przeprowadzić symulacje z wykorzystaniem wybranych, omawianych technik,
● ocenić poprawność przeprowadzonej symulacji.
Kryteria oceniania
W trakcie zajęć efekty kształcenia będą monitorowane poprzez zadania (projekty) do samodzielnego rozwiązania przez studentów. Wykonanie zadań będzie dokumentowane w postaci ocenianych przez prowadzących sprawozdań i opracowań oraz będzie weryfikowane na bieżąco przez osoby prowadzące zajęcia.
Literatura
Andrew Leach, "Molecular Modelling: Principles and Applications"
Tamar Schlick, "Molecular Modeling and Simulation: An Interdisciplinary Guide"
Urszula Foryś, "Matematyka w biologii"
James D. Murray, "Mathematical Biology: I. An Introduction"
James D. Murray, "Mathematical Biology II: Spatial Models and Biomedical Applications"
Więcej informacji
Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb: