Praktyka programowania 1100-3BB15
1. Przypomnienie podstaw Pythona.
2. Wstęp do analizy danych z wykorzystaniem pandas.
3 Wykresy w matplotlib i seaborn.
4. Wstęp do Biopythona.
5. Integracja PyMOLa z Pythonem.
6. Analiza trajektorii dynamiki molekularnej z MDAnalysis.
7. Inne pakiety przydatne w przetwarzaniu danych w biofizyce.
Rodzaj przedmiotu
Założenia (opisowo)
Koordynatorzy przedmiotu
Efekty kształcenia
Po ukończeniu kursu student posiada podstawową wiedzę z zakresu programowania w Pythonie oraz analizy danych przy użyciu bibliotek takich jak pandas, matplotlib i seaborn. Zna narzędzia bioinformatyczne, takie jak Biopython, oraz potrafi integrować PyMOL z Pythonem. Student potrafi analizować dane biofizyczne przy użyciu omawianych specjalistycznych modułów Pythona.
Kryteria oceniania
Zasady zaliczenia:
- można mieć dwie nieusprawiedliwione nieobecności,
- aktywność na zajęciach i prace domowe,
- projekt końcowy i rozmowa na temat projektu (kolokwium końcowe).
Ocena końcowa zostanie wystawiona na podstawie punktów za aktywność na zajęciach (40%) i projektu końcowego z rozmową na jego temat (60%).
Literatura
Student otrzyma niezbędne materiały na zajęciach.
Inne źródła:
Dokumentacja Pythona
Python Tutorial
Python dla każdego. Podstawy programowania, Michael Dawson
Python. Wprowadzenie, Mark Lutz
Python. Leksykon kieszonkowy, Mark Lutz
Python podstawy - zadania
Więcej informacji
Więcej informacji o poziomie przedmiotu, roku studiów (i/lub semestrze) w którym się odbywa, o rodzaju i liczbie godzin zajęć - szukaj w planach studiów odpowiednich programów. Ten przedmiot jest związany z programami:
Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb: