Projektowanie leków 1000-717PRL
1) Wprowadzenie do projektowania leków
2) Usystematyzowanie podstaw dziedziny
- najważniejsze typy oddziaływania niekowalencyjnych
- termodynamiczny opis oddziaływania
- struktura, polimorfizmy, izomery i konformacje
- metody modelowania molekularnego: pola siłowe, przestrzeń konformacyjna i jej próbkowanie
3) Makromolekuły jako cel działania leku.
- pierwszo-, drugo-, trzecio- i czwartorzędowa struktura białek; grupy prostetyczne i ligandy
- struktura kwasów nukleinowych
- modelowanie struktury i dynamiki białek: modelowanie porównawcze i dynamika molekularna
4) Oddziaływania białko-ligand
- powierzchnia białka, miejsce aktywne, kieszeń wiążąca
- antagonista, agonista, inhibitor
- algorytmy dokowania, funkcje oceniające
5) Elementy chemoinformatyki
- bazy cząstek chemicznych i ich przeszukiwanie
- SMILES
- chemia kombinatoryczna
6) Strategie projektowania leków
- struktura wiodąca
- farmakofor leku
- reguła Lipińskiego
- farmakodynamika i farmakokinetyki
7) Białka jako czynniki terapeutyczne
- projektowanie sztucznych białek
- przeciwciała
8) Zastosowanie uczenia maszynowego
Rodzaj przedmiotu
Tryb prowadzenia
Koordynatorzy przedmiotu
Efekty kształcenia
Po ukończeniu kursu student:
- zna typowe problemy projektowania leków (K_W03)
- potrafi analizować strukturę i funkcję układów biomolekularnych związanych z procesami chorobowymi (K_U03)
- potrafi dokonać analizy właściwości zarówno małych cząsteczek jak i receptora
- potrafi wykorzystywać nabytą wiedzę w innych dziedzinach, m.in. w diagnostyce medycznej i w zagadnieniach biologii medycznej (K_U04)
- ma świadomość odpowiedzialności za podejmowane inicjatywy badań, eksperymentów lub obserwacji (K_K02)
- rozumie i docenia znaczenie uczciwości intelektualnej w działaniach własnych i innych osób; postępuje etycznie (K_K03)
- potrafi formułować opinie na temat podstawowych zagadnień bioinformatycznych (K_K05)
- jest w stanie dostrzegać ograniczenia własnej wiedzy i konieczność jej ciągłego uzupełniania i aktualizowania (K_U07)
Kryteria oceniania
Aby zaliczyć laboratoria, konieczne jest:
- obecność na zajęciach oraz oddanie raportów/skryptów w terminie.
- wykonanie projektu zaliczeniowego.
Aby zaliczyć wykład, należy
- zaliczyć laboratoria
- zdać egzamin pisemny w formie szeregu pytań otwartych
- Przewidywane są dwa terminy egzaminu oraz termin zerowy.
Zaliczenie przedmiotu przez doktoranta wymaga dodatkowo zrealizowania projektu badawczego w ramach laboratorium.
Literatura
Andrzej Bąk, Jarosław Polański "Podstawy chemoinformatyki leków", Uniwersytet Śląski
Maria Gorczyca, Alfred Zejc "Chemia leków", PZWL Wydawnictwo Lekarskie - pierwszy rozdział
Peter Atkins, "Chemia Fizyczna", PWN - rozdział 1.9: 'Równowaga Chemiczna'
Więcej informacji
Więcej informacji o poziomie przedmiotu, roku studiów (i/lub semestrze) w którym się odbywa, o rodzaju i liczbie godzin zajęć - szukaj w planach studiów odpowiednich programów. Ten przedmiot jest związany z programami:
Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb: