Molekularne podstawy enzymologii 1000-714MPE
WYKŁAD:
Treści kształcenia: Poziomy organizacji strukturalnej białek, motywy strukturalne, klasyfikacja strukturalna białek, siły kształtujące struktury przestrzenne, folding, podstawy termodynamiki chemicznej, budowa białek enzymatycznych, mechanizmy katalizy enzymatycznej, typy kinetyki reakcji enzymatycznych, rodzaje reakcji katalitycznych i klasyfikacja enzymów, błonowe układy bioenergetyczne
ĆWICZENIA:
W skład zajęć wchodzą następujące zadania rachunkowe, laboratoryjne i komputerowe:
1.Przeliczenia biochemiczne i enzymatyczne. Podstawy spektrofotometrii
2. Podstawy symulacji reakcji chemicznych i enzymatycznych przy użyciu programu komputerowego Gepasi
3. Podstawy pomiarów reakcji enzymatycznych. Oznaczanie aktywności aminotransferaz w surowicy krwi królika.
4. Eksperymentalne wyznaczanie parametrów kinetycznych Km i Vmax dla dehydrogenazy L-mleczanowej
5. Rachunkowe metody wyznaczania parametrów kinetycznych enzymów.
6. Hamowanie reakcji enzymatycznych – symulacje w programie Gepasi oraz analiza danych
7. Mechanizmy reakcji enzymatycznych – symulacje w programie Gepasi oraz analiza danych
8. Zastosowanie programów komputerowych do analizy budowy przestrzennej enzymów.
Rodzaj przedmiotu
Efekty kształcenia
Wiedza:
ma wiedzę na temat podstaw fizykochemicznych katalizy enzymatycznej (K_W03)
Umiejętności:
potrafi dokonać analizy i symulacji sieci biochemicznych na różnych poziomach przybliżeń (K_U23)
potrafi modelować układy biomolekularne oraz projektować inhibitory enzymów (K_U22)
Kryteria oceniania
Sprawozdania z ćwiczeń oraz egzamin pisemny obejmujący wiedzę z wykładów
Literatura
C. Branden, J. Tooze. Introduction to Protein Structure 2 edition Garland Science; 2 edition, 1999
J.M Berg, J.L. Tymoczko, L. Stryer Biochemia, Rozdziały 3,4, 8-10, PWN, Warszawa 2005
A. Zgirski, R. Gondko Obliczenia Biochemiczne, PWN, Warszawa 1998
http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/
http://www.gepasi.org
Więcej informacji
Więcej informacji o poziomie przedmiotu, roku studiów (i/lub semestrze) w którym się odbywa, o rodzaju i liczbie godzin zajęć - szukaj w planach studiów odpowiednich programów. Ten przedmiot jest związany z programami:
Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb: