Wstęp do bioinformatyki 2 1000-714BI2
Na zajęciach będą poruszane następujące zagadnienia:
1. Podstawy programowania w języku Python, podstawowe biblioteki (Pandas, Seaborn, Numpy, BioPython), wizualizacja i przetwarzanie dużej ilości danych
2. Homologa, analogia i koewolucja w kontekście sekwencji i struktur białkowych, pojęcia rodzin i domen białkowych oraz sposoby ich klasyfikacji
3. Bazy danych sekwencji i struktur (AFDB, ECOD, UniProt), dostęp do baz danych z poziomu Pythona
4. Metody sekwencyjne (HHsuite, HMMER, MMseqs2, CCmpred), wykrywanie homologii, określenie funkcji i klasyfikacja białek
5. Metody strukturalne (AlphaFold, FoldSeek, PyMol), modelowanie oligomerów, oddziaływań białko-białko oraz struktur włóknistych
6. Osadzenia (embeddingi) i modele językowe, narzędzia na nich oparte, takie jak pLM-BLAST oraz techniki wizualizacji tSNE/UMAP
7. Przeprowadzenie doświadczenia w mniejszych grupach. Projekt z puli dostępnych projektów lub samodzielnie wymyślony
Rodzaj przedmiotu
Koordynatorzy przedmiotu
Efekty kształcenia
Studenci biegle i ze zrozumieniem posługują się podstawowymi narzędziami bioinformatycznymi dostępnymi w pakietach programów oraz w postaci serwisów internetowych.
Kryteria oceniania
• Ćwiczenia: Realizacja projektu indywidualnego i ustna prezentacja wyników.
• Wykład: Uzyskanie zaliczenia z ćwiczeń dopuszcza do egzaminu (test) obejmującego zagadnienia z wiedzy teoretycznej (wykład) oraz umiejętności praktyczne (laboratioria).
Literatura
- Branden, C., & Tooze, J. (1999). Introduction to protein structure (2nd ed.). Garland Science.
- Cheng, H., Schaeffer, R. D., Liao, Y., Kinch, L. N., Pei, J., et al. (2014).
ECOD: An evolutionary classification of protein domains. PLOS Computational Biology, 10(12), e1003926.
Więcej informacji
Więcej informacji o poziomie przedmiotu, roku studiów (i/lub semestrze) w którym się odbywa, o rodzaju i liczbie godzin zajęć - szukaj w planach studiów odpowiednich programów. Ten przedmiot jest związany z programami:
Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb: