Algorytmy w genomice obliczeniowej (wspólne z 1000-719GP2) 1000-2M12AGO
1. Wprowadzenie. Podstawowe pojęcia, geny, gatunki, genomy, ewolucja, uliniowienia, porównywanie sekwencji (2 wykłady).
2. Modele ewolucji sekwencji (1 wykład)
3. Maksymalizacja wiarygodności, maksymalizacja parsymonii, metoda łączenia sąsiadów (2 wykłady)
4. Metody bayesowskie (1-2 wykłady)
5. Drzewa konsensusowe i superdrzewa (2 wykłady)
6. Metody klastrowania hierarchicznego (1 wykład)
7. Drzewa uzgadniające, sieci filogenetyczne, horyzontalny transfer (2-3 wykłady).
8. Drzewa i tablice sufiksowe (1-2 wykłady).
Założenia znajomość podstaw algorytmiki, umiejętności programistyczne (np. python, c/c++ lub java)
Rodzaj przedmiotu
Efekty kształcenia
ma wiedzę o zaawansowanymi metodach stosowanych w genomice porównawczej (K_W04)
potrafi wykonywać obliczenia związane z porównywaniem genomów i interpretować ich wyniki (K_U07)
Kryteria oceniania
Ocena na podstawie: egzamin pisemny 60% + obowiązkowy projekt zaliczeniowy 35% + prezentacja projektu 5%.
Literatura
1. Inferring Phylogenies Joseph Felsenstein
2. Paul G. Higgs, Teresa K. Attwood, Bioinformatyka i ewolucja molekularna,
3. R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchson, Biological Sequence Analysis, .
Więcej informacji
Więcej informacji o poziomie przedmiotu, roku studiów (i/lub semestrze) w którym się odbywa, o rodzaju i liczbie godzin zajęć - szukaj w planach studiów odpowiednich programów. Ten przedmiot jest związany z programami:
Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb: